星瀾船長與暗影族首領握手之後，和平協議的落實成為了雙方工作的重中之重。雙方迅速啟動了聯合執行團隊，負責監督和推進各項條款的實施。
在科技共享領域，聯合科研團隊在初期便遭遇了重重困難。星界聯盟提供的部分基礎核心科技雖非軍事用途，但在暗影族的科技體系中卻難以相容。雙方的科學家們不得不花費大量時間去研究介面與適配問題，期間爭論不斷。暗影族的科學家更傾向於追求高效與快速的成果轉化，而星界聯盟的科學家則強調穩定性和安全性的測試。經過數月的艱苦努力，他們才初步建立起一套可行的科技融合框架，成功將星界的新能源轉換技術與暗影族的生態修復技術相結合，在一片廢棄星球上開展了試點專案，取得了令人鼓舞的成果，這才讓雙方的信任稍有增進。
貿易與交流區域的建設也並非一帆風順。在貿易規則制定上，雙方就稅收比例問題僵持不下。暗影族由於資源相對匱乏，希望透過較高的出口稅來獲取更多利益，而星界聯盟則擔心這會抑制貿易活力。最終，經過複雜的經濟模型測算和多輪談判，確定了根據商品種類和稀缺性動態調整稅收的機制。在人員往來限制方面，暗影族對星界聯盟一些種族的精神力能力心存忌憚，擔心被用於情報竊取等不當行為，星界聯盟則以嚴格的精神力使用監管法規作為回應，並同意雙方在交流區域內共同設立精神力監測站，才化解了這一危機。
軍事互信機制的建立面臨著巨大挑戰。暗影族領地周邊星區環境複雜，星界聯盟在進行軍事力量通報時，難以做到完全精準的探測與資料匯總，這引發了暗影族的猜疑。星界聯盟不得不投入大量資源升級軍事監測裝置，並邀請暗影族軍事專家參與監督系統的設計與評估。而暗影族在軍事視察過程中，其軍事裝備的一些特殊能量波動被星界聯盟誤判為攻擊性訊號，險些引發衝突，後經雙方軍事技術人員深入交流與解釋，才避免了矛盾升級。
文化交流活動逐漸展開，卻也出現了不少摩擦。星界的文化展覽在暗影族領地舉辦時，一些展示生物文化的活體生物因環境差異出現不適甚至死亡，被暗影族視為對生命的不尊重，星界聯盟急忙道歉並改進展覽環境調控技術。暗影族的藝術表演在星界聯盟某些星球上，因表演風格過於神秘壓抑，觀眾寥寥，甚至被一些民眾誤解為帶有惡意的精神暗示，暗影族不得不調整表演形式，融入更多積極元素。
然而，隨著時間的推移，雙方在不斷解決問題的過程中逐漸加深了理解。科技共享帶來了雙方科技水平的共同提升，貿易與交流區域日益繁榮，軍事互信讓邊境緊張局勢大幅緩解，文化交流也讓雙方民眾對彼此有了全新的認識。星界聯盟與暗影族開始意識到，和平並非一蹴而就，而是在不斷的磨合與共進中逐漸穩固。