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而自來也的三位新徒弟也跟從自來也來看望修，修一時興起，將一絲冰屬性的查克拉注入了波風水門的身體之中，讓他使用風遁的時候可以發揮一些意想不到的威力，而自來也也乘機要求葉修教授水門‘螺旋丸’，修也答應了。
綱手也找上門來，告之修關於那些細胞的培養工作已經完成了，並且可以將這些細胞移植進普通人的身體之中，但或多或少會起到些不良反應，而且威力並沒有預期那麼大，修感謝了綱手後將要求綱手將細胞組織交給更木元，同時為更木元做了眼部移植手術，移植了修手中的萬花筒寫輪眼。（在狐歧山一役中，更木元已經開啟了寫輪眼，而在對決雷影一役中將寫輪眼開啟到了三勾玉，在這五年內受到大蛇丸的以及後來返回木葉的修的摧殘，當時在黑虎以及蒼龍查克拉的衝擊之下開啟了萬花筒寫輪眼，但開啟之中卻是有些許變異）
而在3年頭，水門毫無意外當上了四代火影，而大蛇丸不顧眾人的意願背叛了木葉並加入了‘曉’組織，而在這緊要關頭，修收到了來自長門的信，並要求他出來一聚。
修見到了長門和斑，斑再次要求修答應他加入‘曉’組織並且佩帶與長門相同的‘零’之戒，修再次拒絕後，長門要求修履行當年的承諾，而修卻說要殺死斑後再實現承諾，最後在不敵斑的情況下用了最後的仙術‘九龍毀’，隨即死去，而斑卻利用永恆萬花筒的空間扭曲能力躲過了修的最後一擊，但還是受了些傷。
隨即一切如原劇情一樣發展，但與其不同的是，大蛇丸背叛‘曉’組織，自立門戶之時，將修的屍體從斑處偷走了，而在九尾襲村一役中，小雨也在保護村子的戰鬥之中為了救疾風而再次使用了禁忌之術，隨後死於九尾一役的兩年後。
而在幾年後的滅族之夜中，更木元、疾風等人為報九尾襲村之仇而對上了跟隨鼬前來的長門，長門利用六道六人的性質將兩人壓得死死的，而疾風在生死關頭之中雙眼終於開始變化，出現了萬花筒寫輪眼，二人利用寫輪眼將長門擊退，而宇智波一族仍是慘被滅門，而疾風見到其弟富丘的最後一面，富丘早已經知曉永恆萬花的事情，並要求疾風奪取他的瞳力為其報仇，並告訴疾風其小兒子佐助仍未回來，可能沒有被殺，要求疾風去保護佐助，而鼬在其曾經的師傅疾風的面前坦言自己是迫於無奈才作出這些事情，同時要求疾風等人不要管佐助，他希望佐助能在仇恨之中變強然後代替他守護木葉，疾風最後也是答應了。
幾年後，中忍考試時期，大蛇丸對決三代之時，召喚出了三口棺材，而在第三口之中出現了，卻是修，修也因此而被複活，與初代、二代兩人對決猿飛，但隨著疾風的到來並將‘蒼龍’還予修後，修擺脫了符咒的控制並自己獲得了主動權，與三代擊敗了初代與二代後對決大蛇丸，而猿飛不顧修的勸阻決定將大蛇丸封印起來，使用了禁術，只是將大蛇丸的雙口封印起來，但最後在死神要吞噬三代靈魂之時葉修出手擊退死神，最後讓三代的靈魂重歸輪迴。
修在死亡後靈魂進入了陰間之時見到了小雨，早已經知道之前所發生的一切，而在陰間之時，他更是見到了六道仙人，六道坦言修以前8年那時候所遭遇的一切都是他有意安排的，隨即要求葉修不要輪迴，因為他預見到了葉修會復活，而修也是等到了這一天，而在此同時，修的心劍也在六道仙人的幫助突破瓶頸，消滅了心魔。
而修在最後不斷地發展了自己的勢力，行腳忍者、‘根’部都在他的勢力範圍之中所控制，在最後一戰之中，他帶上更木元、疾風以及一行移植了黑龍細胞的手下突襲‘曉’的總部，在擊殺‘不死二人組’後與收到了疾風訊息後反水的鼬將‘曉’內其餘人擊殺，最後