建炎三年十二月，江淮宣撫司準備將戚方擁眾叛，犯鎮江府。後攻下廣德軍，次年六月被嶽飛所破，降歸張俊。
建炎四年三月，御營前軍將楊勍叛。後犯婺州、處州，一度受劉光世招安，復叛，紹興二年被宋將楊惟忠誘殺。
建炎四年十月，王善餘黨祝友擁眾為亂。後渡江大掠，紹興二年二月，歸降劉光世軍。
建炎四年十月，江東賊張琪犯建康府，受招降。紹興元年四月復叛，佔據徽州，十月在楚州為官軍俘獲，檻送行在。
紹興元年正月，賊曹成入淮陽軍，復引兵趨江州。曹成原與張用、馬友屬同一集團，後來分軍南下，由江西入湖南，永兵十餘萬，次年受到嶽飛的痛擊，五月，以八萬之眾受韓世忠的招降。
紹興三年正月，江西將李宗諒誘戍兵叛，寇筠州。三月，為李綱派兵擊降，被殺。
宋太祖曾自豪的說過&ldo;吾家之事，惟養兵為百代之利&rdo;，推其用意，是將桀驁恣肆的不穩定因素強制融入軍隊這一國家機器中，使其難以直接危害社會與政權。但太祖沒有料到軍隊本身也有這種全面失控的時候，這時，收隸尺籍的獷暴之民經過了訓練，擁有了武裝，結成了集團，就像上百頭突破鐵籠的惡狼與猛虎，不僅使歷經戰亂的國計民生雪上加霜，而且直接威脅到南宋政權的自身安全與立足根基，其危害之大是前所未有的。
高宗小朝廷南渡以後，就把主要精力放在對付所謂&ldo;群盜&rdo;上，以至當時宰相趙鼎都說：&ldo;渡江以來，每遣兵將，只是討盪盜賊，未嘗與敵國交戰。&rdo;南宋政權剿滅流寇，消除了腹背受敵的威脅，鞏固了後方，有利於南宋的社會安定與經濟恢復，這一戰爭大體到紹興五年基本完成。在平定流寇集團中，張俊、劉光世、韓世忠和嶽飛所起作用最大，並透過對流寇的招降與改編，不斷擴大自己的實力，成為擁有重兵的中興四大將。
現在，再來說說這一時期的農民武裝。土地兼併與賦稅繁重，往往是農民揭竿而起的癥結所在，這裡有必要補充說說兩宋的賦稅。宋代無地的佃戶向地主交納地租，國家則向土地所有者（不論地主還是農民）徵收兩稅，夏稅徵絹麥，秋稅徵糧食。此外還有&ldo;支移&rdo;、&ldo;折變&rdo;、&ldo;和買&rdo;、&ldo;和糴&rdo;等附加稅。所謂支移，是藉口將兩稅實物運送邊地而徵收的&ldo;道里腳錢&rdo;；所謂折變，是有意讓納稅戶將實物折成貨幣，或將貨幣折成實物，從中收取附加費；所謂和買，原意為公平買賣，也稱和預買或預買，實為政府以低於市價的價格強行預購兩稅中的絹匹等物，後來乾脆連低價也都不付，變為一種附加稅。所謂和糴，就是政府以低價向民戶強徵兩稅以外的糧食。
南宋一建立，就打著抗金的旗號，巧立各種苛捐雜稅，大肆搜刮民脂民膏。藉口供應軍用而新增的附加稅中，最苛急的有三種：一是南宋初年東南諸路徵收的版帳錢，以兩浙路最為繁重；二是紹興二年起在江南東西路、兩浙路和荊湖南路各州縣按月交納的月樁錢；三是紹興五年新徵的總制錢，與徽宗末年開徵的經制錢合稱為&ldo;經總制錢&rdo;，有些地區的經總制錢竟達正稅額的三倍之多。此外，東南地區還有二稅的附加，例如和糴、和預買、折帛錢、預借。和糴、和預買是沿用北宋舊例；所謂折帛錢就是將和預買中的絹匹改徵貨幣；預借就是提前徵收明年以後的賦稅，最多的甚至預借到六年以後。另據記載，江西、湖南在正稅以外，還有&ldo;正耗&rdo;、&ldo;補欠&rdo;、&ldo;和糴&rdo;、&ldo;斛面&rdo;等名目，一石正稅米往往要收到五六石；收稅錢則還有&ldo;大禮&rdo;、&ldo