賢不許。七月，袁崇煥辭官回鄉。明廷以王之臣接替袁崇煥為督師兼任遼東巡撫，駐紮寧遠。
但後金軍退兵後，袁崇煥卻被治罪。當初後金軍進入的關口是屬於薊遼總理劉策所管轄，而袁崇煥得知後金軍入關，直逼京城，於是千里迢迢趕來救援，自認為有功無罪，但是朝中大臣卻有很多人認為是袁崇煥放清兵入關，於是紛紛誹謗袁崇煥與後金軍有勾結，朱由檢對此也很懷疑。此時後金軍也設計離間，說袁崇煥與後金軍有秘密約定。十二月，朱由檢將袁崇煥下獄。
魏忠賢遺黨王永光、高捷、袁弘勳、史褷等人想趁機給魏忠賢報仇，以擅自與後金軍議和、擅殺毛文龍兩條罪名定袁崇煥死罪，並意圖一併殺死錢龍錫。崇禎三年八月，袁崇煥被凌遲處死，家人被流徙三千里，並抄沒家產，實則家中無一兩餘財。
最後，這個神秘人物在施展一系列的“政治陰謀”之後，即除掉了“心腹大患”這才鬆了一口氣。
要知後事如何，且看下回分解！