與此同時，
負責清剿，播州土司楊家老巢海龍屯、水西土司安家老巢水西之地、水東土司宋家族老巢馬頭寨，三家土司勢力的王驥所部三路大軍，也有重大突破。
經過兩年半左右時間的清剿，到天順七年，公元1457年，十一月底，
三大土司的老巢，基本都被王驥手下的方瑛、石亨、項忠三人，攻破。
自此，西南之地的四大土司，經過兩年多得時間，全部被大明朝所剿滅。
同年，十二月初十，
天順帝朱祁鏞，在四川播州土司之地，分別設定了遵義府和平越府；
貴州水東土司之地，設定了開州，
將貴州水西土司之地，改為了大定府，
至此，西南五省之地的之大土司，基本被大明朝所剿滅。
四川、貴州兩省之地，在繼湖廣省之後，設立了郡縣制，實現了改土歸流，大明朝在三省之地，實現了完全統治。
當然，在這期間，
因實行改土歸流，多地也發生了多次的戰爭。
在川南方面，烏蒙土府、鎮雄土府、東川土司、沙馬司、建昌土司、涼山土司、雷波土司、阿盧土司多次叛亂，
兵力最多時，達到了三十萬。
期間雲貴川三省總督王驥，不斷動用軍隊鎮壓，
最終平定了四川土司之亂。
隨後，天順帝朱祁鏞，將東川、烏蒙、鎮雄三地劃給了雲南。
在雲南，已經被革除的鎮沅土府刁瀚“不肯獻所佔民田”，並糾集當地少數民族，進攻鎮沅府知府劉洪度，並將其殺害。
王驥聞訊後，立即發動大軍反攻，平定了叛亂。
隨後，明軍向西挺進到了滇西，到達了孟養土司。
以前，大明曾經調動12萬大軍去進攻孟養土司，
但結果明軍一來，這裡的土司就逃到了緬甸，明軍撤退，他們又回到原地，讓大明朝十分頭疼不已，
這次王驥，則親自帶領大軍“深入數千裡，無險不搜。”
徹底擊潰了滇西的土司勢力，實現了雲南之地的改土歸流。
而貴州的情況又和雲南不同，這裡地形複雜，少數民族眾多。
雖然貴州之地，勢力較大的土司都已經被大明朝剿滅，
但卻出現了
“土司單弱，不能管轄，苗患坐大”的局面。
這些苗患，用武力是無法根除的，必須要從根本上進行治理。
根據此情況，王驥在貴州的改革就是開拓“苗疆”，開墾荒地，招來苗民耕種。
貴州改土歸流的難度，是最大的，
因此此地，用兵最多，戰鬥也最激烈。
天順八年，公元1457年，十月底，
明軍再次進入貴州雷公山一帶，和這裡的生苗發生了激烈的戰鬥，
到天順十年，公元1459年，
王驥的大軍，才基本讓生苗歸順。
那時，天順帝朱祁鏞將貴州新開闢的“苗疆”，設定為古州、清江、臺拱、丹江、八寨、都江六縣。
後，經過五年的大力開發，
到天順十五年，公元1464年，太子朱見深繼位之時，
此地的人口大量增加，當地的經濟獲得巨大發展，
當然這是後話。
貴州“改土歸流”的另一件大事就是劃定了貴州省的版圖。
在東部地區，將一些之前隸屬於湖廣的“生苗”地區劃給貴州省，
使得貴州省，能夠控制更多“苗疆”；
在南部，將廣西在南盤江以北的土地也劃給了貴州，
解決了