舒暢，不以講課為負擔，學生聽起來也覺得生動活潑，不以聽課為負擔。這樣，就把研究和教學統一起來。說統一，還是多了兩個字，其實它們本來就是一回事。開什麼課，這是教師的自由，至於這個課怎麼講，那更是他的自由了。學生們，那就更自由了。他可以上本系的課，也可以上別系的課。你上什麼課，不上什麼課，沒人管；你上課不上課也沒人管。只到考試的時候你去參加就行。如果你不打算要畢業證書，不去參加考試也沒人管。學校對於群眾也是公開的。學校四門大開，上課鈴一響，誰願意來聽課都可以到教室門口要一份講義，進去坐下就聽。發講義的人，也不管你是誰，只要向他要，他就發，發完為止。有時應該上這門課的人，講義沒有拿到手，不應該上這門課的人倒先把講義拿完了。當時有一種說法，說北大有三種學生，一種是正式學生，是經過入學考試進來的；一種是旁聽生，雖然沒有經過入學考試，可是辦了旁聽手續，得到許可的；還有一種是偷聽生，既沒有經過入學考試，也未辦旁聽手續，未經許可，自由來校聽講的。有些人在北大附近租了房子，長期住下當偷聽生。”
蔡元培主張白話文，但不認為一定要絕對排斥文言文；他主張新文學，但相信舊文學也有自己不容否定的價值：“舊文學，注重於音調之配置，字句之排比，則如音樂，如舞蹈，如圖案，如中國之繪畫，亦不得謂之非美術也。”也惟其如此，他既熱心為沈尹默的新體詩集作序，同時也不贊成“青年抱了新體詩的迷信，把古詩一筆抹殺”，故同樣樂於為浦瑞堂的《白話唐人七絕百首》作序。
1920年初，蔡元培在《新青年》上發表著名的短文《洪水與猛獸》。他將新思潮形象地比作洪水，將軍閥比作猛獸，以為中國現狀可算是洪水與猛獸鬥，“要是有人能把猛獸馴服了，來幫同疏導洪水，那中國就立刻太平了”。胡適在發表此文的“附記”中強調，這是“很重要的文字，很可以代表許多人要說而不能說的意思”。羅家倫則稱之為“光芒萬丈的短文”。
蔡元培倡導科學，但他反對陳獨秀諸人的唯科學主義無視人類情感的重要性。他說：“知識與感情不好偏枯，就是科學與美術，不可偏廢。”
蔡元培認為，戰後的歐洲思想界反省自身文化的弱點，許多學者轉而向東方文化尋求幫助，是客觀的事實。“東西文化交通的機會已經到了。我們只要大家肯盡力就好”。他指示北大國學研究所：“我們一方面注意西方文明的輸入，一方面也應該注意將我們固有文明輸出”，對此必須“格外留心”。蔡元培說：“鄙人對於中國之將來，全抱樂觀”。假以時日，“中國文化，必可以與歐洲文化齊等，同樣的有貢獻於世界。”
蔡元培曾毫不諱言地表示：“我對於學生運動，素有一種成見，以為學生在學校裡面，應以求學為最大目的，不應有何等的政治組織。其有年在二十歲以上，對於政治有特殊興趣者，可以個人資格參加政治團體，不必牽涉學校。”
1919年7月23日，蔡元培在《告北大學生暨全國學生書》中一方面肯定學生在五四運動中的愛國熱情，但同時告誡學生不要因政治問題犧牲學業，呼籲同學們回到教育救國的道路上來，指出：“吾國人口號四萬萬，當此教育無能、科學無能時代，得受普通教育者，百分之幾，得受純粹科學教育者，萬分之幾。諸君以環境之適宜，而有受教育之機會，且有受純粹科學之機會，所以樹吾國新文化之基礎，而參加於世界學術之林者，皆將有賴於諸君。諸君之責任，何等重大，今乃為參加大多數國民政治運動之故，而絕對犧牲之乎？”
蔡元培亦反對教師罷課。1922年4月9日，在國立八校教職員會議上蔡元培力阻教員罷教的提議。胡適在4月11日的日記中這樣記載當時的情況：“前天（九日）聯席會議