她有“超俗之識與勁直之氣”，讚揚她淡於名利，歷盡妻子、母親之責，不以丈夫中進士、點翰林為喜，不為丈夫辭官回鄉而怨。王昭夫人生前曾問：“人死後之幽靈當居何處？”蔡元培在輓聯中寫道：“有子二人，真靈魂所宅耳。”
王昭去世的時候蔡元培剛滿33歲，在江浙一帶的知識界已經頗有名氣了，來他家裡提親的人踏破了門檻。蔡元培面對紛至沓來的媒人，磨濃墨、鋪素箋，揮毫寫下了一張徵婚啟事貼在書房的牆壁上。他提出了五個條件：第一是不纏足的女性；第二是識字的；第三是男子不得娶妾、不能娶姨太太；第四，如果丈夫先死那麼妻子可以改嫁；第五，意見不合可以離婚。訊息傳開來，媒人們頓時一個個退避三舍。
也許是姻緣天定，蔡元培在杭州辦學的時候，有一天在朋友家看到一幅工筆畫，線條秀麗、題字極有功底。他一打聽，作者是江西名士黃爾軒的女兒黃世振，又名仲玉。黃仲玉出身書香門第，不但沒有纏足，而且識字又精通書畫、孝敬父母，完全符合蔡元培的擇偶標準，於是他請朋友從中撮合。1902年元旦，蔡元培在杭州舉辦了他一生中的第二次婚禮。這次婚禮中西合璧。蔡元培用紅幛綴成“孔子”二字，代替懸掛三星畫軸的傳統，賓朋以開演說會的形式代替鬧洞房。演說內容為評論男女平等的見解：有的引經證史，說明男女平等的理論；有的認為就學行而言難以平等，並舉例：“倘若黃夫人的學行高出於蔡先生，則蔡先生當以師禮待黃夫人；反之，若黃夫人的學行不及蔡先生，則蔡先生當以弟子視之，何從平等呢？”於是，蔡元培折衷兩端，說道：“就學行言，固然有先睛之分；就人格言，總是平等的。”大家鼓掌贊同，最後盡興而散。
1907年，已近不惑之年的蔡元培開始了4年海外留學的生活。在德4年，他編著了《中國倫理學史》，蔡元培由最初的大男子主義思想，轉變成為尋求婦女平等權利的鬥士，他的第二位夫人黃仲玉可謂對此作用不小。萊比錫大學的蘭普來西教授，是史學界的革新者，創設的文明史與世界史研究所有很多學生。蔡元培極其憧憬蘭普萊西，還稱讚蘭氏講史，最注重美術，尤其造型美術，如雕刻、圖畫等。蔡元培攜黃仲玉夫人一起拜訪蘭普來西教授，贈以景泰藍茶杯二具，並由黃夫人贈送一幅親繪的《歲寒三友圖》，圖內松、竹、梅“三友”工筆細緻精到，佈局新穎別緻。蘭氏見到此畫激動萬分，讚不絕口。
1920年9月，教育部復準蔡元培赴歐美考察教育及學術研究等事務，由蔣夢麟代理校長職務。此時，黃仲玉夫人腹部經常脹痛，經醫生診療，時好時差。蔡元培一考慮赴歐美考察需時半年以上，對黃夫人身體狀況很不放心。黃仲玉一面請醫生診治，一面整理行裝，力促蔡元培按期成行。1920年11月24日，蔡元培率北京教育團自上海吳淞口登法船高爾地埃號赴法。第五天，蔡元培在船行途中發電蔣夢麟，詢問夫人病情，覆電告知小愈，蔡元培認為這是寬慰話，總是放心不下。船行三十餘日，12月27日抵達法國。蔡元培致電李石曾，詢問夫人病情。久不得復。1921年1月9日自巴黎至日內瓦，在旅館得蔣夢麟電，知夫人黃仲玉已於當月2日病逝，時年45歲。
蔡元培懷著萬分悲痛心情，作《祭亡妻黃仲玉》一文，稱頌黃夫人“善書、善畫、善為美術之天才”，“孝於親，睦於弟妹，慈於子女”，“常克勤克儉，以養我之廉，以端正子女之習慣”；“愛我以德，無微不至”。同時，蔡元培為告慰黃仲玉夫人，允諾：“汝所愛者，威廉也。柏齡也……我回國以後，必躬自撫養，使得受完全教育，為世界上有價值之人物，有所貢獻於世界，以為汝母教之紀念。”《悼亡妻黃仲玉》字字血淚、情真意切，後來被收入了中學課本，成為抒情散文的典範。北京大學等學校、團體舉