起訴書還指出，曹文莊在核發藥品批准名號及藥品審批的過程中，收受錢財，降低審批標準，降低了國家機關的公信力；在申請藥品經營許可證、辦理藥品進口許可等方面，降低稽核標準，造成藥品管理混亂，降低了國家機關的公信力，情節特別嚴重，涉嫌翫忽職守罪。
當時每年有上萬種新藥和“換名漲價藥”，要由國家藥監局審批，曹文莊作為藥品註冊司司長具體掌管這一大權，成了醫藥企業公關的重點物件。
據悉，曹文莊的罪名與他的上司鄭筱萸一樣涉嫌犯受賄罪和翫忽職守罪。檢方對其翫忽職守罪指控認為，在藥監局推行GMP認證和“地標”轉“國標”時，降低稽核標準，造成藥品管理混亂，提高了百姓的用藥風險，降低了國家機關的公信力，情節特別嚴重。目前全國萬個藥品批准文號中，有15萬個是曹文莊任期內辦理的。
有媒體披露稱，案發後，在西城檢察院接受訊問時，曹文莊態度十分狂傲，他說，要是能把我查出問題來，中國就沒有清官了。
在法庭審訊中，對於檢方的4筆受賄指控，曹文莊全部推翻。對於檢方的翫忽職守指控，曹文莊同樣予以否認。據悉，曹文莊委託的2名律師參加了開庭。法庭上，就受賄罪名，律師作了證據不足的辯護；對翫忽職守罪，作了無罪辯護。
曹文莊被一審法院以受賄罪和翫忽職守罪判處死緩。一審法院在判決中採納了曹文莊律師的一條辯護意見，即曹文莊檢舉揭發他人，有立功表現，依法可以從輕或減輕處罰。
8月28日，北京市高階人民法院維持了一審法院對國家藥監局藥品註冊司原司長曹文莊的死緩判決。
曹文莊的命保住了，有網民為此憤憤不平，認為姓曹的也應該給斃了，這樣才能平民憤！
公正地說，他的罪名雖然與鄭筱萸相同，但他畢竟只是一個部門的負責人，是政策的執行者，負責政策制定的是他們的局長鄭筱萸，他是我國醫藥監管的最高行政首長。
曹文莊沒有被送上斷頭臺，在許多人看來已是不幸中的萬幸了，可他卻不領情。不僅在法庭上全盤否定了檢方的指控，還堅持認為自己是個清官。從差一點就見了閻王，到中國的清官，二者的距離也太遠了吧，可見在一些人的眼中，對受賄罪和翫忽職守罪見仁見智。至少在中國，至少博士曹文莊就有這樣離奇古怪的認識，這是發人深省的一個小小的插曲。
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鄭筱萸和他的秘書們 第六節（1）
6。在中國醫藥界，有兩位一人之下萬人之上的顯赫人物，他們掌管著中國藥品和醫療器械審批的生殺大權，只要找到他們就等於攀上了財神，財源滾滾
曹文莊自稱“清官”，不知他心目中的清官是什麼樣的概念。沿著曹文莊的履歷追尋會發現，不論是出於上進還是對知識的渴望，曹文莊在參加工作後，自感到在商學院中藥系學的那點知識實在算不了什麼，步入仕途的曹文莊顯然感到他的學歷無法勝任要職，於是他像時下許多官員一樣在政法院校攻讀了法學博士。
搞的是中醫藥監管，卻去學法律，在選擇專業時，曹文莊肯定是動了一番腦筋的，是為了增長自己的法學知識，還是有其他想法，一般人不得而知，更奇的是他的博士畢業論文，不知是巧合還是預感到了什麼，令人驚異的是，論文竟然是《論貪汙罪和受賄罪的主客觀要件及犯罪構成》。不僅選題是貪汙罪和受賄罪，還論述了“主客觀要件”“犯罪構成”，看來曹博士對這篇論文的選題真正是下了大工夫。
也許這篇論文發表後使許多貪官讀了受到教育，挽救了他們在犯罪的泥潭中越陷越深，但具有諷刺意味的是，法院在量刑時對如此重要的論文竟然忽略不計，對這位博士“清官”的判決就是受