起他被損害、被汙辱的記憶，他“每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣”。但他的著作事業卻從這裡得到了更大的力量，並在《史記》若干篇幅中流露了對自己不幸遭遇的憤怒和不平。到了太始四年（前93），司馬遷在給他的朋友任安的信中說：“近自託於無能之辭，網羅天下放失舊聞，考之行事，稽其成敗興壞之理，凡百三十篇。”可見《史記》一書這時已基本完成了。從此以後，他的事蹟就不可考，大概卒於武帝末年。他的一生大約與武帝相始終。
司馬遷接受了儒家的思想，自覺地繼承孔子的事業，把自己的著作看成是第二部《春秋》。但他並不承認儒家的獨尊地位，他還同時接受了各家特別是道家的影響。他的思想中有唯物主義因素和批判精神，特別由於自身的遭遇，更增加了他的反抗性。班彪、班固父子指責司馬遷“是非頗謬於聖人：論大道則先黃老而後六經，序遊俠則退處士而進奸雄，述貨殖則崇勢力而羞貧賤”，這正說明了司馬遷的思想比他的許多同時代人站得更高，而為一些封建正統文人所無法理解。我們今天正是從這些封建正統文人的指責中，看到了司馬遷進步思想的重要方面。
《史記》是我國曆史學上一個劃時代的標誌，是一部“究天人之際，通古今之變，成一家之言”的偉大著作，是司馬遷對我國民族文化特別是歷史學方面的極其寶貴的貢獻。全書包括本紀、表、書、世家和列傳，共一百三十篇，五十二萬六千五百字。“本紀”除《秦本紀》外，敘述歷代最高統治者帝王的政跡；“表”是各個歷史時期的簡單大事記，是全書敘事的聯絡和補充；“書”是個別事件的始末文獻，它們分別敘述天文、曆法、水利、經濟、文化、藝術等方面的發展和現狀，與後世的專門科學史相近；“世家”主要敘述貴族侯王的歷史；“列傳”主要是各種不同型別、不同階層人物的傳記，少數列傳則是敘述國外和國內少數民族君長統治的歷史。《史記》就是透過這樣五種不同的體例和它們之間的相互配合和補充而構成了完整的體系。它的記事，上自黃帝，下至武帝太初（前104—101）年間，全面地敘述了我國上古至漢初三千年來的政治、經濟、文化多方面的歷史發展，是我國古代歷史的偉大總結。
司馬遷的著作，除《史記》外，《漢書·藝文志》還著錄賦八篇，今僅存《悲士不遇賦》一篇和有名的《報任安書》。《報任安書》表白了他為了完成自己的著述而決心忍辱含垢的痛苦心情，是研究司馬遷生平思想的重要資料，也是一篇飽含感情的傑出散文。《悲士不遇賦》也是晚年的作品，抒發了作者受腐刑後和不甘於“沒世無聞”的憤激情緒。
五帝本紀第一
解惠全 張德萍 譯註
【說明】《五帝本紀》是《史記》全書一百三十篇中的第一篇。
《史記》是我國紀傳體史書的創始之作。所謂紀傳體的“紀”就是指本紀。《史紀》共有本紀十二篇，以歷史上的帝王為中心，上自黃帝，下至司馬遷當時的帝王漢武帝，依次記敘了他們的言行政跡，同時也記載了各個時代的政治、經濟、軍事、文化、外交等方面的重大事件。可以說，本紀就是一部按年代次序編寫的帝王簡史或系統的編年大事記。本紀排在全書的最前頭，歷來被視為全書的綱，它儲存了許多歷代相傳的歷史資料，對於後人瞭解歷史年代發展順序有著重要的價值。縱觀本紀十二篇，就思想內容來說，處處反映了司馬遷的唯物主義史學觀和實事求是的嚴謹態度，往往是從客觀史實出發總結出歷史經驗教訓，而不以個人好惡評價英雄的成敗和朝代的興衰；就藝術特色來說，最為突出的是取材慎重，剪裁適當，佈局合理，詳略有致，抓住重點，渲染抒情，在多數篇目中都有精彩之筆，人物真實，場面生動，感情飽滿，或敬慕，或憎惡，或惋惜，或悲壯……
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