說：“天下剛剛平定，遠方百姓還沒有歸附，儒生們都誦讀詩書，效法孔子，現在皇上一律用重法制裁他們，我擔心天下將會不安定，希望皇上明察。”始皇聽了很生氣，就派扶蘇到北方上郡去監督蒙恬的軍隊。
三十六年（前211），火星侵入心宿（ｘｉù，秀），這種天象象徵著帝王有災。有顆隕星墜落在東郡，落地後變為石塊，老百姓有人在那塊石頭上刻了“始皇帝死而土地分。”始皇聽說了，就派御史前去挨家查問，沒有人認罪，於是把居住在那塊石頭周圍的人全部抓來殺了，焚燬了那塊隕石。始皇不高興，讓博士作了一首《仙真人詩》，等到巡行天下時，走到一處就傳令樂師彈奏唱歌。秋天，使者從關東走夜路經過華陰平舒道，有人手持玉璧攔住使者說：“替我送給滈（ｈàｏ，皓）池君。”趁便說：“今年祖龍死。”使者問他緣由，那人忽然就不見了，放下那真玉璧離去。使者捧回玉璧向秦王陳述了所遇見的情況。始皇沉默了好一會，說：“山裡鬼怪本來不過能預知一年的事。”當時已是秋季，始皇說今年的日子已不多，這話未必能應驗。到退朝時他又說：“祖龍就是人的祖先。”故意把“祖”解釋成祖先，祖先是已死去的人，因此“祖龍死”自然與他無關。始皇讓御府察看那塊玉璧，竟然是始皇二十八年出外巡視渡江時沉入水中的那塊。於是始皇為此事進行占卜，占卜的結果是遷徙才吉利。遷移三萬戶人家到北河、榆中地區，每戶授給爵位一級。
三十七年（前210）十月癸丑日，始皇外出巡遊。左丞相李斯跟隨著，右丞相馮去疾留守京城。少子胡亥想去巡遊，要求跟隨著，皇上答應了他。十一月，走到雲夢，在九疑山遙祭虞舜。然後乘船沿長江而下，觀覽籍柯，渡過海渚（ｚｈǔ，煮），經過丹陽，到達錢塘。到浙江邊上的時候，水波兇險，就向西走了一百二十里，從江面狹窄的地方渡過。登上會稽山，祭祀大禹，遙望南海。在那裡刻石立碑，頌揚秦朝的功德。碑文是：
皇帝功業偉大，統一平定天下，德惠深厚久長。三十七年，親自巡行天下，遍遊觀覽遠方。登臨會稽山峰，考察民間習俗，百姓恭敬景仰。群臣齊頌功德，推原皇帝事蹟，追溯英明高強。秦朝聖王登位，創制刑法名稱，闡述舊有規章。建立公平法則，審慎區分職責，確立永久綱紀。六國之王專橫，貪利傲慢兇狠，憑藉人多逞強。暴虐橫行無忌，倚仗武力驕橫，屢動干戈打仗。暗中安置坐探，聯合六國合縱，行為卑鄙猖狂。對內說謊狡詐，向外侵我邊境，由此引起禍殃。仗義揚威誅討，消滅兇暴叛逆，亂賊終於滅亡。聖德廣博深厚，天地四海之內，恩澤覆蓋無疆。皇帝統一天下，一人兼理萬機，遠近到處清明。執掌管理萬物，考察驗證事實，分別記錄其名。貴賤都能相通，好壞當前陳述，無人隱瞞實情。治有過揚道義，有夫棄子而嫁，背夫不貞無情。以禮分別內外，禁止縱慾放蕩，男女都應潔誠。丈夫在外淫亂，殺了沒有罪過，男子須守規程。妻子棄夫逃嫁，子不認她為母，都要感化清正。治理盪滌惡俗，全民承受教化，天下沐浴新風。人人遵守規矩，和好安定互勉，無不順從命令。百姓美善清潔，全都自願守法，樂保天下太平。後人敬奉聖法，大治大安無邊，車船不翻不傾。眾臣頌揚功業，請求刻石作銘，傳千古放光明。
始皇返回，途經吳地，從江乘縣渡江。沿海岸北上，到達琅邪。方士徐市等人入海尋找仙藥，好幾年也沒找到，花費錢財很多，害怕遭受責罰，就欺騙說：“蓬萊仙藥可以找到，但常被大鯊魚困擾，所以無法到達，希望皇上派善於射箭的人一起去，遇到大鯊魚就用裝有機關可以連續發射的弓弩射它。”始皇作夢與海神交戰，海神的形狀好象人。請占夢的博士給圓夢，博士說：“水神本來是看不到的，它用大魚蛟龍做偵探。現在皇上祭祀周到恭敬，卻出現這種惡神