根據計劃，新一軍高建國部，新二軍倪守道部，新三軍賈充部組成一兵團，由倪守道任兵團長，出廬州攻入河南後，打擊駐防鄭州的僧格林沁；九江的李秀成部、皖中的韋志俊部和從江西返回的楊輔清部組成二兵團，由李秀成任兵團長，從六安北上，直取蒙城，打擊在皖清軍；新四軍潘啟亮部，新五軍馮天部，新六軍戴伏波部組成三兵團，由潘啟亮任兵團長，出徐州擊敗山東巡撫李惠後直撲濟南，而做為奇兵的新十一軍武智久部和新十二軍王仁甫部待清軍主力被吸引到河南、山東的時候，在上海登船沿海路攻取秦皇島，並拿下山海關，太平水師將為他們提供支援；整個戰役的預備隊由新七軍陳平安部，新八軍鄭伯倫部，新十軍史大柱部擔任；江師及皖南防軍控制九江，嚴防湘軍異動；新九軍焦富部駐防天京，保衛天朝都城安全。吸取了太平水師洩密事件的教訓，擔任攻擊山海關的奇兵部隊除了王財和總參謀部的少數幾個人知道他們的真正用處之外，對外一律宣稱是北伐戰役的預備隊，以此來掩人耳目，確保突襲計劃的順利。
之所以把李秀成、韋志俊、楊輔清的部隊調到安徽戰場，王財是有私心的，因為從情報上來看，無疑清軍在安徽的實力最強，借清軍之手削弱這些天朝舊臣的兵力，在他看來真正是一食二鳥的好計策，雖然李秀成燒了洪秀全的密詔，但留著這些人在，他到底還是不放心。
與此同時，太平天國全境進入戰時狀態，實行連坐法，一人犯法，全家問斬，一戶犯法，十戶問罪，十萬二線新軍分佈各地坐鎮，嚴厲鎮壓任何敢於滋生事端和對抗官府的行為，安慶、蘇州兵工廠日夜開工，加班生產軍火，保證前線需要。同時為了確保曾國藩不至於鋌而走險，王財密信已經打到貴州的翼王石達開陣兵貴、湘邊界，監視湘軍，逼曾國藩安心的待在兩湖。
同時為了配合這次大規模的北伐，從人心士氣上打擊正面清軍，加快戰役程序，減少部隊損失，輿宣司的幾個老先生還寫了一篇檄文（檄文不計入正文字數，贈送）：&ldo;昔我黃帝，始建中華，堯舜禹湯，孔孟聖教，則文化彬彬，獨步宇內，煌煌史冊，逾五千年，寬仁博大，久著民德。奈胡元猾夏，竊號神州，華服變滿裝，漢音改胡腔，豪傑具留豬尾，英雄始亂綱常，又迭興文獄，滅盡漢章，動誣謀逆，夷絕九族，國士引勁，精英具喪，腥風播四海，淫毒穢宸極，又縱貪官汙吏，驕吸民膏，可憐子女，哭泣道旁，官以賄得，刑以錢免，豪傑絕望，英俊抑鬱。長蛇封豕，搏噬無遺。遂使神明胄子，降為輿臺；錦繡江山，淪於左衽，肆其窮兇，竊據我都邑，烏乎痛哉！今天朝中興東南，輔王義千歲，奮發有為，重整河山，驅除胡虜，恢復中華，五族和諧，共享太平，立綱陳紀，救濟斯民，古人有言，炎炎之火，可焚崑岡。是以夏後一成，能復故國，楚人三戶，足以亡秦；況以中國之大，人民之眾，爰舉義旗，為天下倡。群賢霞蔚，多士雲興；一鼓功成，克有全土。此則我華廈先聖在天之靈實式以憑，而中興之運可操左券也。唯是新邦初建，庶事待興，引企英豪，同襄治理。然後獎帥三軍，會師北伐，飲馬長城；搗彼虜庭，殲其醜類。望天下耆艾、河朔健兒，嶺表孤忠，中原舊曲，應此檄文，各整義師，振臂執銳，共討胡賊，上順天時，下安黎庶，以匡諸夏。若甘心事敵，以抗天兵，執迷不悟者，罪在不赦。凡從天道，順吾天朝，倒戈從義者，既往不咎，得享富貴。夫非常之原，黎民所懼，救國之志，人有同心。敢布區區，鹹知大義。二三君子，尚克圖之。&rdo;檄文所到之處，百姓群起響應，江北各地義旗遍舉，還沒有等北伐開始，江北就亂了套，連北京城都被造反的義軍攻打了兩回，只可惜都是些烏合之眾，很快就被鎮壓了。
戰役之前的所有準備工作都已經就續了，可是在一個問題上王財與內閣、總參發生