受審】
張琦翔回憶，抗戰勝利後，華北逮捕漢奸，用的是請客的方式。戴笠讓汪時璟出面在汪家宴請漢奸們，吃過飯，當場宣佈拘留他們。周作人、錢稻蓀與汪素無往來，故沒有敷衍。二人是在當夜，軍警以查戶口為名，從家中帶走的。當軍警用槍械指著周要逮捕他時，周說：“我是讀書人，用不著這樣子。”
周作人被捕後，先被關押在北平炮局衚衕的陸軍監獄。周晚年回憶道：“在北京的炮局是歸中統的特務管理的，諸事要嚴格一點，各人編一個號碼，晚上要分房按號點呼，年過六十的雲予優待，聚居東西大監，特許用火爐取暖，但煤須自己購備，吃飯六人一桌，本來有菜兩缽，亦特予倍給。”獄中規定家人每月可會間一次，送錢一次；據說，送錢最多的高達二十萬元，周作人最少，每次僅五千元。
徐淦記載：“風聞在蔣（介石）的壽辰上，有三位國民黨的要員趁慶賀之機，聯名上書，求蔣給予周作人特赦，但蔣說：‘別人可赦，周作人不可赦，因為他親共。’據傳那三位要員當中為首的是張群，話是從張群的機要秘書口中傳出的。”
1946年春，北平一些文化教育界知名人士，聯名上書國民政府，為周作人說情。他們請鄭天挺在請求書上簽字，遭到鄭的拒絕，鄭說：“在周任敵偽北大文學院長時，也確實為學校圖書館弄來不少善本珍籍。但我覺得，一個教授應當有起碼的民族氣節。周曾任偽教育總署督辦，這是不能原諒的。”
在炮局衚衕關押半年後，周作人等十四人被押解往南京受審。《申報》發表標題為《鉅奸王蔭泰等十四人，昨由平解京審理，古城觀者如堵，呼罵聲不絕》的文章，說：“群奸今晨五時被檢查血壓時，方知解京受審，乃慌忙寫下‘遺書’，招致家人，語多勸家人勿憂，而有戀戀不捨之意。……周作人光頭衣著最為陳舊……上車前記者逐一問感想……周作人說：‘我始終等待被捕，無感想。’周瘦得多了，態度仍很‘冷淡’……上機前逐一衡量體重……書生周作人最輕，52公斤。每人許攜物15公斤，大多為衣被書籍及針線，周攜其自著之《談龍集》……”
據說，周作人在上飛機前曾抄舊詩一首示人：“年年乞巧徒成拙，烏鵲填橋事大難。猶是世尊悲憫意，不如市井鬧盂蘭。”其在押解途中寫有詩二首：“羼提未足檀施薄，日暮途窮究可哀。誓願不隨形壽盡，但憑一葦渡江來。”“東望浙江白日斜，故園雖好已無家。貪痴滅盡餘嗔在，賣卻黃牛入若耶。”
周作人在“自白書”中為自己辯護道：“初擬賣文為主，嗣因環境惡劣，於1938年1月1日在家遇刺，幸未致命，從此大受威脅……以湯爾和再三慫恿，始出任偽北京大學教授兼該偽校文學院院長，以為學校可偽學生不偽，政府雖偽，教育不可使偽，參加偽組織之動機完全在於維持教育，抵抗奴化……”
1946年7月19日，南京高等法院對周作人案進行了第一次公開審理，《申報》報道了此次審理過程：“周逆作人十九日晨十時，在首都高院受審，歷時二旬鍾，以證據尚待調查，庭諭定八月九日再審。周逆昔日小有文名，今日旁聽席上，特多男女青年。審訊前段，被告答覆從逆前之經歷，頗以二十年北大文科教授之任自傲。述其附逆動機；狡稱：旨在‘維持教育，抵抗奴化’。庭長當斥以身為人師，豈可失節。周逆答辯謂：‘頭二等的教育家都走了，像我這樣三四等的人，不出來勉為其難，不致讓五六等的壞人，愈弄愈糟。’並稱，二十六年秋，留平不去，系因年邁，奉北大校長蔣夢麟之囑為‘留平四教授’之一，照料北大者，惟對其二十八年之任華北政務委員會常委兼教育總署督辦，以及東亞文化協議會會長，華北綜合研究所副理事長，偽新民會委員，偽華北新報社理事等職，則期期艾艾，對答之間頗感尷尬，