陳寅恪講學還注意自然啟發，著重新的發現。對學生只指導研究，從不點名，從無小考；就是大考，也只是依照學校的規章舉行，沒有不及格的。他常說：問答式的筆試，不是觀察學生學問的最好辦法，因此每次他都要求學生寫短篇論文代替大考。但陳寅恪又強調：做論文要有新的資料或者新的見解，如果資料和見解都沒有什麼可取，則做論文也沒有什麼益處。
季羨林寫《回憶陳寅恪先生》寫道：我旁聽了寅恪先生的“佛經翻譯文學”。參考書用的是《六祖壇經》，我曾到城裡一個大廟裡去買過此書。寅恪師講課，同他寫文章一樣，先把必要的材料寫在黑板上，然後再根據材料進行解釋、考證、分析、綜合，對地名和人名更是特別注意。他的分析細入毫髮，如剝蕉葉，愈剝愈細愈剝愈深，然而一本實事求是的精神，不武斷，不誇大，不歪曲，不斷章取義，他彷彿引導我們走在山陰道上，盤旋曲折，山重水複，柳暗花明，最終豁然開朗，把我們引上陽關大道。讀他的文章，聽他的課，簡直是一種享受，無法比擬的享受。……寅恪師這種學風，影響了我的一生。
陳寅恪在清華授課時，不但清華的教授如朱自清、吳宓、劉文典與各系學生經常前來聽課，遠在城內的北大學生和年輕教員，也成群結隊，走出古城，穿越西直門，跑到離城幾十裡的西北郊外清華園“偷聽”陳寅恪講課。據聽過陳氏課的學生回憶，若從北平城內到清華園，宛如一次短途旅行，頗費一番周折。沿途幾十裡全是一片接一片的農田，秋天青紗帳起，尚有綠林人士攔路搶劫，甚至不惜鋌而走險，殺人越貨。前往聽課的師生曾幾次遇到過攔路劫財的強盜，多虧每次都靠人多勢眾，手裡又各自拎著木棍鐵器等防身傢伙，對方不敢輕舉妄動。即使如此，北大師生也願冒險出城，親自聆聽陳寅恪上課時那如同天幕傳來的梵音絕唱。相對城內北大的偏遠，近在燕京大學的學生與教員，則得天時地利之便，一溜小跑即可到達清華講堂，先是喘著粗氣，接下來屏息靜氣，美美地享受一頓免費大餐。人云天下沒有免費的午餐，但在陳寅恪這裡卻是例外。
在清華，陳寅恪是名教授。除了本校歷史和中文系的學生聽講外，還有校外旁聽生，“慕名而來，滿載而歸”。當時在燕京讀書的週一良回憶道：“我從燕京到清華旁聽（實際是偷聽，因為不需辦任何手續）陳先生的課，感到與以往所聽的中外歷史課大不相同，猶如目前猛放異彩，佩服不已。那時一起去聽課的，有在當時的中央研究院歷史研究所工作的餘遜、俞大綱（都已經逝世）。我們這幾個青年都很喜歡京劇，下課以後，常常討論說：真過癮！好像又聽了一場楊小樓的拿手戲！”羅香林也回憶道：“陳師對學生的愛護，真是無微不至，不但在學術上的個別引導，使學生個個都走向專門研究，能漸漸有新的發現的境地，就是對學生的日常生活，乃至於畢業後的就業情形，也非常關心。”
1946年，陳寅恪從歐洲回到清華，此時他雙目已盲。歷史系主任雷海宗勸他休養一段時間，他不聽，並要求在中文系也開一門課。雷海宗的助手王永興勸他：“一門課已經夠辛苦了，是否不要在中文系上課了？”他嚴肅地說：“我拿國家的薪水，怎能不幹活？”送走雷海宗，陳寅恪立即吩咐當時在場的弟子王永興，通知在歷史系、中文系各開一門課，立即行動，不得有誤。雷海宗不忍見到一位雙目失明的老人來回奔波，於是想了一個折中的辦法，讓學生到陳宅上課，陳寅恪應允。許多年之後，王永興對陳寅恪這一做法曾深情地回憶道：“使我感動的是他那樸實而堅定的語言，他沒有說過作為一個教師應該如何如何的冠冕堂皇的話，但是，他的身教要比那許多話高明得多。今天，我作為一個教師，雖學識淺陋，但仍要每學期開兩門課，是因為每每想起老師身教如此，不敢懈怠。”