在財力上，他恢復了北宋以來的發運使機構，設都大發運使，以便及時調撥軍需給養。他還對總領所作了調整。總領所全稱總領某路財賦軍馬錢糧，是南宋在戰事狀態下的特殊財政體制，最早是張浚在建炎末年經略川陝時臨時設立的總領四川財賦，紹興十一年第二次收兵權後，設立淮東、淮西和湖廣三總領所，紹興十五年復置的四川總領，職權比東南三總領更重，合成四大總領所，分掌各路上貢財賦，供辦相關御前大軍錢糧，實際上成為戶部為戰爭服務的財政派出機構。虞允文將淮東總領併入淮西總領，負責統一排程兩淮、浙西、江東的軍需財賦，這樣，淮西、湖廣與四川三大總領所恰與宋金戰爭中東、中、西三大戰場相配套。
乾道八年二月，虞允文升為左相，但僅過半年，與孝宗在重用潛邸舊人上意見分歧，便辭相再任四川宣撫使。孝宗與他相約分別從東西兩路出兵收復中原：&ldo;若西路出而朕遲回，即朕負卿；若朕已動而卿遲回，則卿負朕。&rdo;允文入川一年，雖然積極籌劃北伐，但孝宗密詔詢問進兵之期，他深知北伐不是輕率的兒戲，審慎答以軍需未備。
淳熙元年（1174年），虞允文積勞去世。孝宗怪他遷延出師之期，一反常規，對允文不贈官，不賜諡。不久，孝宗檢閱軍隊，親見允文教練過計程車卒無不少壯勇武，感佩他穩健持重，有恢復之志而大志未酬，這才追贈他為太師，賜諡忠肅。
虞允文是孝宗前期抗戰派代表，他的去世，對孝宗北伐大計是個沉重的打擊。孝宗的統治也大體以此為界分為前後期。前期，孝宗在乾道二年、四年和六年，先後舉行過三次大規模閱兵，以鼓舞士氣，振奮民心，銳意恢復，矢志北伐。但允文一死，孝宗頓失支援，虎虎銳氣逐漸消退，守成的暮氣佔據上風。他把主要的心思放在了控制朝政、掣肘宰相上。
孝宗吸取秦檜擅權的教訓，一是&ldo;躬攬權綱&rdo;，一是&ldo;勤於論相&rdo;。他除了對虞允文等個別宰相還比較信任，在位期間採取頻繁更換宰相的手法來限制相權。他在位期間共任命左相八人，右相十八人，其中連續任期超過二年的僅虞允文、趙雄、王淮、梁克家四人，超過一年的也僅七人，其他都一年不到。從乾道八年虞允文罷相，其後十年竟不設左相；其中淳熙二年九月至淳熙五年三月的兩年半里，竟然左右相俱缺，僅以參知政事行相事。即便對一向倚重的虞允文，在任其為左相的同時，還將與他&ldo;不苟同&rdo;的參知政事梁克家提為右相，以為牽制，孝宗對大臣的猜疑由此可見。
孝宗為了防止相權與監察權的勾結，在任命臺諫官上別具心計：前相剛罷，後相初拜，他故意任命前相在任時進擬的臺諫官人選鉗制後相，後相雖有進擬，他擔心臺諫奉承後相風旨，有心不加任命。
出於扶植心腹控制朝政的需要，孝宗自即位起就重用潛邸舊臣曾覿與龍大淵，外戚張說也頗得寵幸，這些人都被正直人士視為佞臣。孝宗與他們形跡親密，稱字而不呼名，罷宰相，換大將，都要聽聽他們的意見。《宋史&iddot;佞臣傳》共列近習十二人，孝宗朝就佔三分之一。孝宗的初衷是以心腹爪牙來防止權臣專政，卻不料造成了朝政的另一種混亂。佞臣勢力在孝宗朝抬頭，在兩宋歷史上頗引人注目，也大出人們期待之外。
淳熙五年（1178年），孝宗任命史浩為右相。史浩因反對隆興北伐而撤職賦閒十餘年，孝宗起用他，固然是一時找不到合適的人選，但也表明其政策的轉向。史浩入相，太上皇高宗興高采烈的說：&ldo;卿再入朝，天下之幸！&rdo;
史浩建議孝宗靜守典制，唯盡公道，把即位以來太上皇各種&ldo;聖訓&rdo;公佈於世，以便子子孫孫&ldo;尊承家法&rdo;，一句