1937年直到1945戰敗的哈爾濱平房鎮時期。
石井四郎早在1927年的東方會議之後，就提出了用細菌戰彌補日本在侵略戰爭中的資源不足問題。1932年，石井的主張為軍國主義當局所接受，在東京若松町陸軍軍醫學校內成立了由石井負責的防疫研究室，實際上就是細菌戰研究室，當時主要研究在細菌戰中自身防護用的濾水器和大量培養細菌戰劑用的石井式細菌培養箱，並試用該培養箱生產了大量的細菌戰劑，有力地支援了&ldo;九•一八&rdo;事變的發動，成為日本帝國主義侵華的主要依靠力量之一。同年夏天，石井為了擴大規模，提出將研究機構的主體放在我國的東北。其主要的理由是：中國東北幅員遼闊，人口稀少，便於保密，萬一發生細菌洩漏也不會影響到日本國民。特別是可以用中國人做人體試驗，來檢測細菌武器的效果。從近期考慮，東北靠近蘇聯，在日本對蘇聯作戰時，便於提供細菌戰劑。從長遠考慮，可以擴大生產與研究的規模，便於支援下一步全面侵華的戰爭計劃。
日本陸軍部很快批准了石井的要求，決定在離哈爾濱70公里的五常縣背蔭河地區建立細菌工廠和實驗室及人體試驗的靶場和監獄，計劃在那裡進行鼠疫、霍亂等烈性細菌的研究。同時為了對背蔭河地區進行後勤保障，決定在哈爾濱南崗文化街設立本部辦事處和有關防疫給水的部門。
經過一年多的籌建，日軍在背蔭河地區建立起一個3500平方米的秘密軍事堡壘，不僅有營房，還有專用線和飛機場。它周圍有三米多高的圍牆，牆頂上架有兩道鐵絲網，還有一道高壓電網。圍牆上有監視觀察用的槍樓和探照燈。牆外挖有兩米多深的護城壕溝。正門是一座吊橋，日夜有兵把守。
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