戰略反攻，美軍在日本投下了兩顆原子彈，蘇軍進入中國東北，對日宣戰，迫使日本天皇頒發了無條件投降詔書。從而使日軍使用細菌武器失去了可能。如果不是世界反法西斯鬥爭取得勝利，其後果將不堪設想。
日軍戰敗撤退前，下令銷毀第731部隊、第100部隊等細菌部隊的所有營房與資料。因為這兩個部隊的所有裝置都是秘密的，日軍不想讓這些秘密裝置落入盟軍手中。另外這兩支部隊內部所進行的工作不僅是秘密的，而且也是反人類的、骯髒的，必須極力隱蔽進行過這些工作的事實。
日本戰敗前，為了銷毀進行細菌戰與人體實驗的證據，第731部隊比其他部隊更早開始了撤退活動。1945年4月，蘇聯拒絕延長日蘇中立條約，這就寓示著日蘇之間的戰爭不可避免。5月，戰爭的勝負基本已成定局，因此，第731部隊發出通知說如果家屬願意可以返回日本。多數隊員理解了通知的含義，6月份就將家屬撤回日本了。有一隊員的妻子是孕婦，考慮到東京正在遭受美國的空襲，不如哈爾濱安全，就沒有隨家屬隊伍撤退。8月11日她乘坐第731部隊第一批撤退的火車離開哈爾濱，在列車上由石井四郎的女兒春海接生，生了一個小孩。8月8日，蘇聯對日宣戰，9日，第731部隊的全體人員開始了撤退準備工作。在各種準備工作中，最重要的是銷毀人體實驗的證據。首先他們將關在第731部隊本部牢房中，原準備用於做人體實驗的人全部殺害。然後開始炸毀建築物。據說，爆炸產生的煙霧在哈爾濱市內都可以看到。
關於用於人體實驗的&ldo;圓木&rdo;，在6月份第731部隊的家屬撤回日本之後，日本特務機關仍源源不斷地送進來。據哈爾濱特務機關俄語翻譯金城五郎1947年7月18日在莫斯科的證詞，最後一次將活人送進第731部隊是1945年8月13日，那次一次性將30多名俄國人送到了第731部隊。
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