求解職，只是慈禧太后需要一個帝黨招牌式人物，因而不允。後來，慈禧太后想廢了光緒，另立新君。孫家鼐極力反對。終於，慈禧太后不樂意了，在光緒二十五年六月丙戌，達成了孫家鼐辭職的願望。
孫元點頭，答道：“一定會的。”
又說了半天閒話，孫元起才提起今天來的目的：“叔祖大人，上次京師大學堂印行的物理刻本，只有一半。這幾日，我才把後三冊寫完，特帶來呈給叔祖，如果可用，便須即刻付印。否則，下學期就沒有教材可用了。”說完，拿出那三種《初等物理教科書》，遞給孫家鼐。
孫家鼐大致翻了一下，便放在桌子上，對孫元起說：“老夫本來是以吏部尚書兼管大學堂事務的，如今卸了職，這事兒卻不歸老夫管了。據邸報，朝廷已經委派吏部右侍郎許景澄暫時管理大學堂事務。”
“啊？這樣啊……”孫元起有些失望。許景澄這個人他見過，那還是在京師大學堂開學的時候，許景澄是大學堂的中文總教習，孫元起隨著其他教員一起拜見的，沒說幾句話。
孫家鼐似乎看出孫元起的失望，說：“如果你去拜訪許大人，恐怕事情會有所遷延。如果你信得過老夫，便把書先放我這兒，老夫雖然卸職，還是有幾分薄面的。”
“這樣是最好不過了！”孫元起連聲感謝。這件事就算解決了。
孫家鼐忽然問道：“百熙，老夫與你的《四書章句》和《十三經注疏》，你看了麼？”
那兩大函書，自從被孫元起拿回去之後，一直惦記著要看，就怕這位老大人問起。可惜那套書沒有標點，通篇都是大小字，實在看不下去，每次最多翻兩頁就興味索然。嗯，附帶的催眠效果非常不錯！
眼下，只有硬著頭皮答道：“只翻了幾頁……這半年，要給大學堂上課，又要給崇實中學一、二、三年級上課。家裡面還有個小學堂，每日教孩子們讀書。這幾天，又來了幾個中學生，想專門學習物理。每天都要上課、改作業、備課，還要編寫教材。實在是忙得不行……所以，只翻了幾頁。等有空，一定會讀的，一定！”
“罷了！不想讀就算了吧。”老大人似乎猜到了這個結果，嘆了口氣：“百熙，你是留過洋，你跟老夫說說，為什麼我們中華就打不過那些蠻夷呢？”
“落後就要捱打！”孫元起下意識地說出了這句話，然後解釋道：“第一，我們的體制落後，無論是政治體制，還是軍事體制、教育體制，都嚴重與現實社會脫節，變得虛弱腐化，不堪一擊。第二，我們的科技落後，在現階段，所有的科學技術都是歐美人發明的，我們引進來，只是知其然，不知其所以然。偷來的拳是打不贏人的！第三，我們的教育落後……第四……第五……”
看著孫元起掰著指頭，一個一個數落大清的落後，作為帝師的孫家鼐臉色自然好不到哪兒去。孫元起看到老大人的臉色非常不好，知趣地不再往下說。
良久，老大人發出一聲浩嘆：“百熙，你辦了一個新式小學堂，是吧？正好，老夫有幾個不成器的孫子，你這個做兄長領去，好好地教導他們……”
這可是標準的**、富二代啊，可不好管教！孫元起張開嘴，剛想拒絕。老大人一抬手，阻止孫元起說話：“老夫倒想看看，蠻夷怎麼就能戰勝我中華了！”
過了一會兒，孫家鼐又問孫元起：“百熙，你說你開始招收弟子了？”
孫元起苦笑一下，解釋說：“崇實中學有幾名畢業的學生，非常喜歡物理，央求我收下他們。我想，既然他們想學，我如果不教他們，豈不是愧為他們的老師？況且，現在中國的物理教材還不完善，我想一邊教他們，一邊把教材給編出來。對於後來的學習者，總歸是有一點幫助的。所以，就不揣譾陋，收下了他們。”
老大