在學課之凌雜，二在風紀之敗壞。救第一弊，在延聘純粹之學問家，一面教授，一面與學生共同研究，以改造大學為純粹研究學問之機關。救第二弊，在延聘學生之模範人物，以整飭學風。
蔡元培坦陳：教育是要個性與群性平均發達的。政黨是要製造一種特別的群性，抹殺個性。例如，鼓勵人民親善某國，仇視某國；或用甲民族的文化，去同化乙民族。今日的政黨，往往有此等政策，若參與教育，便是大害。教育是求遠效的，政黨的政策是求近功的。……若把教育權也交與政黨，兩黨更迭的時候，教育方針也要跟著改變，教育就沒有成效了。所以，教育事業不可不超然於各派政黨之外。
蔡元培是20世紀初中國資本主義教育制度的創者。他明確提出廢止忠君、尊孔、尚公、尚武、尚實的封建教育宗旨。倡導以軍國民教育、實利主義教育為急務，以道德教育為中心，以世界觀教育為終極目的，以美育為橋樑的資產階級民主主義的教育方針，初步建立了資產階級的新教育體制。
蔡元培的教育實踐多在高等教育方面。他任北京大學校長時，提出大學的性質在於研究高深學問。他提倡學術自由，科學民主。主張學與術分校，文與理通科。將“學年制”改為“學分制”，實行“選科制”，積極改進教學方法，精簡課程，力主自學，校內實行學生自治，教授治校。他的這些主張和措施，在北京大學推行之後，影響全國，以至有人稱他為自由主義教育家。
蔡元培組織各種學術研究團體（如哲學會、雄辯會、閱書報社、書法研究社等），把學生的課餘興趣吸引到學術研究方面來。蔡元培殷切希望學生專注學業，但又不贊成死讀書。他說：“研究學理，必要有一種活潑的精神，不是學古人‘三年不窺園’的死法能做到的”。
1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一日抱定宗旨，二日砥礪德行，三日敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。1917年1月9日，北京大學舉行開學典禮，蔡元培發表就職演說，這就是著名的《就任北京大學校長之演說》。蔡與北大學生約法三章：一是抱定宗旨，“大學者，研究高深學問者也”；二是砥礪德行，“諸君為大學學生，地位甚高，肩此重任，責無旁貸，故諸君不惟思所以感已，更必有心勵人”；三是敬愛師友，“自應以誠相待，敬禮有加，至於同學共處一堂，尤應互相親愛，庶可收切磋之效。”
1912年蔡元培任南京臨時政府教育總長時，主持修訂了教育部的學制，第一次在政府法令條文中宣佈教育上的男女平等。不久，我國初級小學實行了男女同校。由於守舊勢力異常強大，高等學校到五四運動前夕仍未實現男女同校。教育部對此畏首畏尾，各大學都不敢提議招收女生。蔡元培非常不滿此等現狀，又是在北京青年會進行演講，又是對上海《中華新報》記者發表談話，公開倡導高校男女同校。蔡元培說：“一提議，必不透過。其實學制上並沒有專招收男生的明文；如招考時有女生來報名，可即著錄；如考試及格，可準其就學；請從北大始。”於是北大首先有了女生，各大學仿行，教育部也就默許了。
1920年2月，因考試期已過蔡元培下令允許王蘭、奚湞、查曉園3位女生入北大文科旁聽，當年秋季起即正式招收女生，開我國公立大學招收女生之先例。
有人問蔡元培：“兼收女生是新法，為什麼不先請教育部核准？”蔡元培說：“教育部的大學令，並沒有專收男生的規定；從前女生不來要求，所以沒有女生；現在女生來要求，而程度又夠得上，大學就沒有拒絕的理。”
1920年，代理文科學長陶孟和准許了9名女生入校旁聽，引起社會上的議論和教育部的批評，甚至總統徐世昌都出面警告北大當局，認為國立學