這部電影把故事講得順暢——而最終的成品也基本讓孟獲滿意了它的質量。
電影劇情由g物小精靈水上競賽開始，舉辦這場競賽的正是傳說之城奧多馬雷，也就是電影標題中的水之都。
在水上競賽的時候，小智受到拉帝亞斯的幫助而遙遙領先，卻因為走錯了水道而失去了冠軍。之後，在亞軍羅西的邀請下，小智一行瀏覽了奧多馬雷，並且聽說了兩隻傳說小精靈的傳說。
怪盜姐妹桑娜、莉安也來到了奧多馬雷，她們用特殊的方法找到了拉帝歐斯和拉帝亞斯，並且試圖捕捉它們。拉帝亞斯為了逃避捕捉變成了人類少女卡儂的樣。然後機緣巧合被小智救了下來。
小智救了拉帝亞斯之後又和她分散，他和小剛等人來到了奧多馬雷的博物館，瞭解了奧多馬雷防禦災難的裝置。在這裡，小智看到了一個正在收拾畫具的少女。好像是剛才救下來的少女，但她是另外一個人。
小智並不知道這一點，他帶著皮卡丘追了上去，然後在一個花園裡發現了一些鑲嵌的石板，中間的圖案上據說記載著博物館中裝置和心之水滴的真正使用方法。
隨後。怪盜姐妹捕捉到了兩隻傳說小精靈中的哥哥拉帝歐斯，而妹妹拉帝亞斯則從水中飛走並找到了正在熟睡的小智，她變換成了卡儂的樣子尋求小智的幫助。
小智明白緣由後和大家一起來到了博物館，怪盜姐妹啟動了防禦裝置，經過一陣惡鬥，小智他們救出了奄奄一息的拉帝歐斯。但怪盜姐妹卻想奪走心之水滴撤退，不小心破壞了水滴，裝置再次啟動。
奧多馬雷迎來了災難，巨*大的海嘯從天際升起向著水之都呼嘯而來。拉帝歐斯與拉帝亞斯隨之衝了出去，利用他們超自然的能力平息海嘯。但拉帝歐斯在其間犧牲了自己。
拉帝歐斯化為了又一顆心之水滴，繼續守護奧多馬雷這座水之都。
電影院裡，看到這裡的蔣天石一陣驚愕——他沒想到《水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯》竟然和《仙劍來襲》一樣，最後竟然會是這種悲劇的結局。
“有沒有搞錯……”
蔣天石用眼睛撇著孟獲，他之前聽董鼎說過孟獲對《仙劍來襲》結局的評論，還以為《水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯》應該是一個歡樂向的作品，哪成想結果還是一樣嘛！
《仙劍來襲》是女主角為了封印仙劍而犧牲、而《水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯》則是一個傳說小精靈為了拯救水之都而犧牲，兩者半斤八兩……
好吧——其實還是《仙劍來襲》過分點。
“畢竟我們的是女主角……”
蔣天石有點無奈的想著，同樣的結局，《水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯》玩的明顯要高出《仙劍來襲》一籌。拉帝歐斯在電影裡的戲份明顯不如《仙劍來襲》的女主角重要。
《水都的守護神拉帝亞斯和拉帝歐斯》裡的女主角應該是拉帝亞斯。而拉帝亞斯最後還是安然無事，不僅安然無事，它還給觀眾們帶來了福利。
水之都的事情結束後，小智一行人打算離開了。但就在他乘坐的客船即將離港之際，拉帝亞斯變成的少女拿著東西，揮著手趕了過來。
小智要求停船，在靠岸後，他走上碼頭，少女將手上的東西遞給小智。然後突然做出一個讓所有觀眾始料未及的動作——她用嘴封住了小智鼻子下面。（ps：不允許描寫x……）
“誒！”
這一幕出現的時候，影院整個沸騰了起來。
“接xx了、接xx了……臥槽，這是小智的初xx吧！？”
“啊啊啊！這一幕就可以讓我再看一遍了！”
“大新聞，快記下，這個一定得報道！”
“……何惜老師連十歲的孩子都