這一系列事件意味著日本在對唐關係上可能開始有疏遠的跡象。
而高宗皇帝很顯然已經掌握了日本的最新動向，才下詔對這批新近使團採取軟禁措施，以免戰時出現情報疏漏。
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七 日本在忙什麼（1）
作為一個沒有完全被平定的強大地方割據政權，高句麗似乎應該在百濟戰事期間有所動作，以牽制唐朝中央政府，但它在戰時並沒有對百濟進行有效的協助。
大唐帝國在征討百濟的前一年，即公元659年（唐顯慶四年）年底，已經對高句麗進行了一輪軍事打擊，大唐鐵勒籍將領契苾何力率薛仁貴等名將在橫山（今遼陽附近）擊敗高句麗。雖然規模不大，但是唐軍攻勢凌厲。
結合大唐高宗對來到洛陽的日本使者所做出的“來年必有海東之政”“汝等倭客，不得東歸”的決定，可知征討百濟拯救新羅對於唐朝來說是一次籌備已久的軍事計劃，而東征高句麗則是一次軍事警告。事實證明，高句麗在西面受到了強有力的軍事壓制，陷入軍事被動，自顧不暇，已經沒有餘力對百濟進行軍事援助。
史料記載，大唐出兵百濟之際，日本大和朝廷接見了高句麗一支多達百名成員的使團，並與之進行了緊急磋商。這支使團直到百濟戰爭接近尾聲才離開日本。
由此可見，日本的最終出兵，與高句麗的居中斡旋、慫恿也不無關係。
當時的日本大和朝廷沒有立即派兵，最重要的原因就在於日本大和朝廷正在本國東北方向與蝦夷人作戰，而它派往唐朝的使者已被高宗皇帝果斷扣留。大唐朝廷已經清醒認識到，使團作為一種合法的情報蒐集機構，很可能會對唐軍推動百濟戰事產生不利影響。另一方面，高句麗與日本之間隔有新羅、百濟，日本沒有任何藉口以陸上途徑出兵協助高句麗。
但日本的出兵意志也已露出端倪，甚至已經開始秘密趕造運兵船隻。
平定百濟的捷報很快傳至洛陽城，大唐高宗及帝國上下對蘇定方的戰績感到由衷欣慰。
百濟戰事的順利結束對於整個帝國意義重大：
第一，大唐在隱忍多年之後在帝國東北方重塑國威，為屬國新羅洗雪國恥；
第二，清除新羅反抗力量，也就意味著割據政權高句麗失去了一隻有力的臂膀，這將為接下來平定高句麗的戰事提供良好的外部環境，也就意味著隋及唐初未能完成的宏願將在高宗時代得以實現，遼東作為中華帝國神聖不可分割之地將再一次迴歸到中央政府懷抱。
8月，高宗皇帝下詔，“賜天下大酺三日”，以示慶賀，並於中秋之日命人撰寫《大唐平百濟國碑銘》。
中秋，對於中國人來說意義非常，對於唐朝人來說更是良辰吉日。大唐高祖年間，李靖將軍征討匈奴得勝，即於中秋節凱旋長安城。
為解決百濟戰後事宜，高宗皇帝再下詔，將百濟原五部三十七郡改設為熊津（今韓國忠清南道公州）、馬韓（今韓國全羅北道益山）、東明（今韓國忠清南道扶余郡）、德安（今韓國忠清南道論山市恩津面）、金漣（不詳）五個都督府。
熊津都督府下轄熊津、東明、帶方等八州，治所在熊津州。後來又將五個都督府全部合併為熊津都督府。從此，百濟作為一個國家已經在法理和事實上徹底成為歷史的煙塵，其領土終於劃入大唐版圖。
與此同時，王文度被任命為熊津都督，全權負責原百濟地方的軍政事務，撫納百濟殘黨，並招募平定高句麗的奇才良策。
9月，蘇定方將軍從朝鮮半島經由海路而後陸路回到東都洛陽。
原百濟王扶余義慈、王妃恩古、太子扶余隆、王子扶余泰在內的十三名王族成員，七百餘名原百濟高官、將領，以及大約一萬兩千餘