這薄薄一本書，拿到手裡，卻感覺沉甸甸的。
盧瑟福寄來的東西，還包括好幾份報紙和雜誌，上面有對盧瑟福的採訪，也有學者對孫元起論文發表的評論或後續研究等等。隨便開啟一本，是德國《物理雜誌》，裡面有一頁被盧瑟福加了書籤兒。翻到那個位置，文章是德文，看不懂。好在盧瑟福非常細心，似乎知道孫元起沒學過德語，已經把其中的要點用英文寫在了書籤上：
……我們注意到，中國的物理學者yorkjohnson在過去的一年中，對原子結構的探討做出了有益的貢獻。他的實驗設計巧妙而實用，實驗結果則嚴謹而細緻，對鈾輻射射線和a粒子散射的實驗研究，展示了原子的內部結構，這是一項重要的工作。這裡順便提一句，yorkjohnson是當之無愧的中國乃至遠東研究物理的第一人，他改變了我們對遠東學術界一向貧瘠和毫無建樹的看法。當然，我們還要注意到另外一點，johnson這幾篇論文，前半部分都是如此的elegant（優雅的，雅緻的；優美的，高尚的；講究的），讓人無法挑剔；但後半部分，則是如此的fantastic（空想的，異想天開的；奇異的，古怪的），通篇是沒有理論基礎和實驗證明的主觀主義猜想。我們在此嚴肅指出：物理學是一門嚴謹的學問，不需要空想和幻夢，那是小說家和詩人的專利。……
孫元起讀完這段評論，有些沒心沒肺地笑了：這群嚴謹的德國人還真是可愛！可誰能想到，在另一個世界，普朗克首先提出能量子的假設，普朗克是德國人；隨後，愛因斯坦又提出光量子的假說，愛因斯坦也是德國人。；
又拿出另一本雜誌，是《科學人》，裡面有記者採訪盧瑟福，盧瑟福在介紹最近物理學發展時，首先提到了iprt的yorkjohnson，認為他是一位年輕有為且富有創意的物理學家，做出了很多開創性的工作。
大致翻了一下其他的報紙，並沒有什麼新鮮，便把信件、報紙、期刊、書本都收拾起來。準備給盧瑟福寫回信。不知是因為對《物理雜誌》批評的不滿，還是對眼下經典物理學發展的反思，又或者是對“剽竊”盧瑟福成果的愧疚。孫元起在信中對經典物理學進行了一定的批評，指出它所面臨的困境，以期激發盧瑟福對原子物理學的研究興趣。
尊敬的盧瑟福先生：
非常高興收到你的來信。
能將那篇不太成熟的論文付印，那是我的榮幸。在此，感謝你在此中付出的辛勤勞動。
你的來信中附送的雜誌和報紙，我大致閱讀了一遍。對於學者們對我的批評，我虛心接受。但是這些批評，並不會改變我在以往論文中對事物的看法，因為那是我在物理學面臨的困境中所作出的一種嘗試和努力。
是的，現在物理學正面臨著重大的困境，經典物理學理論在一系列實驗中所受到的衝擊必須給予足夠的重視。相信有遠見的科學家們都已經意識到，在物理學晴朗的天空中，出現了大片的陰霾。這不是危言聳聽。在這裡，僅就熱和光動力理論而言，就有兩朵碩大的烏雲。
第一朵烏雲是隨著光的波動論而出現的，菲涅耳和托馬斯·楊研究過這個理論。它包括這樣一個問題：地球如何透過本質上是光以太這樣的彈性固體而運動呢？邁克爾孫—莫雷的實驗，無論在實驗的設想方面還是在實驗的實施方面，都無法看出任何缺陷，該實驗的結果也可以保證是可靠的。那麼，究竟應該如何解釋“以太漂移”呢？……
第二朵烏雲是麥克斯韋—玻爾茲曼關於能量均分的學說。能量均分原理，不僅會導致我在《輻射強度與光波長之間的函式關係》論文中所指出的“紫外災難”，而且在氣體比熱問題上也會遇到困難。根據能量均分原理，可以推算出物體的比熱是一個與分子運動