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就這樣，本來還能多支撐幾年的破船，在三夥人的角力下”在原地打轉轉，並出現下沉的跡象。
朝中亂局在湖北也有體現：
主流是立憲派，以湖廣總督張之洞為代表，聲勢最大。雖然主張君主立憲，其實心中還是傾向於確保皇權，所以他們和守舊的保皇派之間沒有太大的衝突，反倒有合流的意思。
鐵桿保皇派除了鄉間士伸老儒，在官場上也有，不過影響力有限”畢竟張南皮在湖北呆了這麼多年，不合自己意思的官員早被他掃地出門了。
至於**派，主要是廣大新式學堂學生、以及編練的新軍，屬於潛流，在正式場合完全沒有任何聲音。但在暗地裡”卻蠢蠢欲動。
作為生在春風裡、長在紅旗下的新青年，孫元起在心底裡是傾向於**的。但來清朝這麼多年，思想也發生一些變化，對於**有了自己的看法：暴力**必須在傑出人物的領導下，發生在可控範圍內，不能損害國家和大多數國民的利益：**發生之後，國家應該迅速穩定下來，轉向經濟建設，改善民生，而不是社會動盪、軍閥混戰。年初偶爾一個機會”孫元起看到去年秋冬間孫中山、黃興等人在東京制定的《**方略》，其中《對外宣言》有這麼幾條：在**成功之後，“所有中國前此與各國柿結之條約，皆繼續有效”、“償款外債照舊擔任，仍由各省洋關如數攤還“、“所有外人之既得權利，一體保護”。儘管孫元起明白，這是**黨人為了獲取列強支援而不得不採取的辦法，心中依然憤憤不平，對同盟會頗為失望。
即便對同盟會失望”孫元起對於它的未來還是有所期待，希望它能肩負起歷史的重任”推翻滿清，建立民國：而不是企盼滿清政府立憲成功，華夏子孫永遠做滿人皇帝的奴才。
對立憲不免持有消極的觀望態度，加上自己對於學校進行大膽改制，消減其中經學內容”在湖北官場上孫元起便成了另類。張之洞出任協辦大學士之後，直接繞開孫元起這個湖北提學使，在武昌成立一所存古學堂，訓詞中說道：
“近日學堂怪風惡俗”不忍睹聞。為國家計，則必有亂臣賊子之禍：為世道計”尤不勝洪水猛獸之憂。謹於湖北省設立存古學堂，以經、史、詞章、博覽四門為主，而以普通科學輔之，庶經訓不墜，以保國猝而息亂。；
這幾乎是指著孫元起的鼻子，否定他在過去一年間的所作所為了。很多人以為孫元起會在短時間內灰溜溜地滾出湖北，誰成知很快離開湖北的卻是張之洞。但人家是榮升大學士、軍機大臣，在湖北他的影響力還在，足以讓孫元起的一此改革措施遭受或明或暗的阻礙，甚至有些舉步維艱。
政局波璃雲詭，讓人難以捉摸。據學生們反應，激進的**黨人甚至把自己改造學堂、提高教育質量的行為，視為維護清廷統治，大為不滿。如果他們有機會，想來不會介意在自己的刺殺成果上增加一個提學使吧？按照張之洞等保守派的態度，如果殺一做百維護朝廷穩固，想來清政府也不會吝嗇革職拿辦一個提學使吧？
孫元起本來就不耐煩做官，被張之洞批判之後，便萌生去意。誰知告病辭呈還沒寫好，張之洞先向朝廷請假養病。之後，便是張之洞北上、趙爾巽西來。乘著新舊交替的間隙，孫元起準備先把全省中小學佈局做個大調整，順便把自強學堂改建為武昌大學堂，等事情告竣後再辭職，也算善始善終吧。
就在這個時候，他接到了瑞典皇家科學院的電報。
諾貝爾化學獎？從這個獎項來能看出三點：盧瑟福的推薦沒有白費；正統的科學家對於光電效應、量子力學、相對論等，還是持半信半疑的態度：作為物理系研究生，孫元起的中學化學沒有白學。按照慣例，諾貝爾獎是在每年的12月10日頒發，今年也不例外