，在日軍大規模的毒氣彈攻勢之下損失慘重。參戰各部隊之中，最多一次戰鬥中的中毒人數甚至達到了百分之百。不僅一線幹部戰士在毒氣之下傷亡慘重，高階幹部也出現多次多人中毒的情況。
太行軍區一個團的部隊，在掩護老鄉與總部機關撤退的戰鬥之中，因阻擊陣地被日軍打出的幾千發窒息性毒氣覆蓋。因為無防毒面具，日軍使用的又是新型毒氣，所有參戰部隊兩個營除極少數人外全部中毒昏迷。
該團的指揮員之中，除副團長因之前負傷未參戰，副政委戰前被調往北方局黨校學習，團長帶著少數人員突圍倖存之外。參謀長在頭一天的戰鬥中犧牲，身負重傷的政委在日軍撲上來之前開槍自殺殉國。
政治處主任以及所有營以上幹部，因為身上佩戴的短槍以及檔案暴露身份，而被集中押往太原關押之外。其餘營以下的幹部、戰士，包括與之行動的幾十名抗大學員，在昏迷之中被日軍全部用刺刀挑死。
在日軍不計手段的掃蕩之下，為了保住部隊的元氣和老底子，各大根據地留守部隊最終不得不放棄與日軍採取正面對抗的辦法，各部隊相繼撤出日軍重點掃蕩範圍。或是跳出外線作戰，或是撤往深山老林之中休整、喘息。
透過一系列的殘酷掃蕩，華北方面軍依靠血腥的屠殺和強行驅趕，在同蒲、正太、津浦、平張等鐵路沿線的太行、北嶽、太嶽等山區，製造了大量的無人區。所有不願遷移的百姓大量的被屠殺，其掃蕩區域內大量的房屋、糧食、物資被燒光。
原有儲備的，數量原本就不充足的過冬物資，損失相當的巨大。甚至就連根據地內被掃蕩區域的水井不是被填死，就是被丟進人或畜生的屍體，或是乾脆丟進毒氣彈汙染以造成無法使用。在掃蕩中日軍甚至對所有遇到的泉水，也全部用炸藥徹底的摧毀。
僅僅在晉察冀的北嶽區，就被搶走和燒燬糧食五千多萬斤，幾十萬擔棉花。大量的牲畜被殺或是被掠奪，房屋被燒燬或是被炮火摧毀達到二十餘萬間。到日軍此次冬季掃蕩結束，整個北嶽區幾乎無一座完整的房屋。根據地群眾被殺達到數萬人，相當數量的村莊甚至被全村殺絕。大片的農田被日軍撒佈毒氣，而幾年之內無法耕種。
相比部隊，地方幹部的損失尤為慘重，用十不存一都無法形容。雁北區下屬各個縣的縣委書記和縣長，幾乎全部犧牲或是被俘後被殺。區村兩級的幹部，百分之九十被殺。北嶽區所屬的一個縣，全縣的區村兩級幹部全部被殺餘燼。
日軍的這一手，近一步的壓縮了華北各個根據地的活動空間。造成的大量物資和人員損失，更進一步的加重了華北各部隊的生存壓力。晉察冀和太行軍區的兵工廠、被服廠，全部被破壞。
各根據地普遍出現了斷糧、斷鹽的情況，很多部隊甚至到了就是連黑豆都沒有地方去籌集的地步。有的根據地召開會議，與會的幹部因為過度飢餓連坐都坐不住，只能躺在炕上開會。一兩黃豆都成了高階營養品，只要經過軍區一級領導特批才能享受得到。
甚至到四二年一月份，晉察冀、太行、太嶽等各大根據地內的部隊，還有很大一部分部隊沒有換上冬裝。中央付出很大代價向河東地區調集的棉花和布匹，還沒有來得及製作成冬裝，就在日軍冬季大掃蕩之中被摧毀了相當大的一部分。
到四二年三月份，冀中平原僅剩的最後游擊區也不得不全部放棄。幾大根據地所有的力量，只能全部轉入北嶽、五臺、太行等山區人煙稀少的深山老林。平西根據地，則被迫全部收縮到了雁北區，平北根據地活動