人報仇。
葉思文下令，抓捕當地參與了屠殺華人的土著，至於參與屠殺的西班牙軍人，在馬尼拉港口攻防戰和馬尼拉城攻防戰中幾乎全部戰死，碩果僅存的幾十個西班牙軍人也被俘虜，只需要拉上公堂審判就行了。
由於不知道哪些土著參與了屠華事件，所以葉思文下令，無論是否參與屠華，凡是馬尼拉周邊的土著，都有嫌疑，無論男女，無論老少，都要抓來審問。
於是，一場大追捕開始了，馬尼拉周圍成千上萬的土著被抓捕，由於抓捕的土著太多，馬尼拉警察局的牢房都不夠用了，葉思文不得不下令把土著關押進了原西班牙軍人的營房。
當然也有那機靈的土著，見勢不妙，立刻腳底抹油開溜，學習當初華人，跑進了馬尼拉周圍的森林裡，不過他們忘了，華人們對森林也是熟悉無比，很快他們便如山老鼠一般，一個接一個的被趙輝組織的華人兵團揪了出來。
幾天之後，馬尼拉周邊的土著全部被捕，即使有漏網之魚，也無關緊要了。
接下來，大明政府對土著進行了公審和判決，土著的犯罪等級被分為三級，第一級，組織參與屠華搶劫；第二級，參與屠華搶劫；第三級，參與屠華者的家屬。
經過馬尼拉當地華人公正的指正，一級罪犯一共有四十三人，二級罪犯一萬多人，三級罪犯三萬多人，這幾乎是馬尼拉周圍所有的土著，因為馬尼拉周圍的土著都參與了屠殺。
亂世須用重典，呂宋就是一個非常混亂的地方，西班牙人、土著、華人三種勢力錯中複雜，特別是愚昧無知且膽大包天的土著，更是社會的不安定因素，所以大明想要長期統治呂宋，就必須先把土著威懾住。
在葉思文的授意下，大明政府對四十三名一級罪犯的處理方法只有一個——凌遲處死，只有這種極其恐怖的處死方法，才能在土著的心裡留下恐怖的種子，讓他們以後一動壞腦筋，就想起這些被凌遲的同類。
不過凌遲是個技術活，放眼呂宋，放眼葉思文的軍中，沒有人能勝任這份工作，沒有人，葉思文不怕，他修書一封，朱由檢立刻給他派了二十個可以執行凌遲的劊子手。
本來二級罪犯也是要全部處死的，但是人太多了，一萬多人，殺了影響不好，不符合葉思文一貫以來的溫和形象，所以在葉思文的授意下，一萬人中，每一百人中挑出一個代表，代表什麼？當然是代筆大家去死！
這種挑選方法，沒有規律可行，誰倒黴誰上，挑出來的一百個土著，也只能怪他們的運氣不好，代人受過了。
至於剩餘的二級犯罪，葉思文給他們取了一個很好聽的名字——終身監禁勞改犯，他們將承擔馬尼拉港和馬尼拉城的重建任務，說不定他們還會承擔呂宋島其他的地方的建設任務，最後，他們有可能死在工地上，有可能死在礦山裡，誰知道呢？
這就是代價，頭腦一時熱的代價，有因必有果，土著既然敢屠殺華人，就應該有被反倒清算的覺悟。
最後犯罪行為最輕的三級罪犯，給他們的宣判是，有期勞改二十年，也就是說，他們只要能免費給大明幹上二十年苦力，他們就可以重新獲得自由，至於他們能不能活過二十年，還真是個未知數。
為了顯示大明皇帝朱由檢的仁慈，也同時顯示葉思文的仁慈，其中還是有免罰條款的，土著男子十二歲以下、六十歲以上免責，土著女子十四歲以下、五十五歲以上免責，其餘人，一個都跑不掉，即使現在跑掉了，以後也會被揪出來。
處理了土著人，葉思文又開始處置當地的西班牙人，以科奎拉為的西班牙軍人並沒有得到審判，他們乃是整個屠華事件的策劃者和參與者，他們將會被押回大明本土接受審判，其實這也就是葉思文的一句話，他要利用科奎拉這些人，和西班牙政府談判