誤設計思想基礎上的工程。修建攔河高壩，泥沙在水庫上游淤積，會使黃河上游的水位逐年增高，把黃河在河南的災難搬到上游陝西。三門峽大壩建成後，黃河潼關段之上的流域會被淤積，並不斷向上遊發展，到時候不但不能發電，還要淹掉大片土地。他斷言，“今日下游的洪水他年必將在上游出現”；同時指出，“黃河清”只是一個虛幻的政治理想，在科學上是根本不可能實現的。不用說河水必然夾帶一定泥沙的科學原理不能違背，就是從水庫流出的清水，由於清水的沖刷力要比夾帶泥沙的濁水強大，將猛烈沖刷河床，必然要大片崩塌，清水也必將重新變成濁水。
1960 年，三門峽電站建成。第二年，黃萬里的預言不幸被言中，大壩內泥沙淤積多達16億噸。第三年，潼關河床淤高4。6米，渭河口形成攔門沙，渭河平原地下水位升高，土地鹽鹼化殃及兩岸農民。到1964年，三門峽水利樞紐改建時，在黃河兩邊山上挖兩條隧洞，排水洩沙，同時，8臺機組炸掉4臺，發電量只剩下20萬千瓦，只是原設計發電量120萬千瓦的零頭。
黃萬里強調自己反對修三門峽水庫是因為一種科學的良知，“如果我不懂水利，我可以對一些錯誤的做法不作任何評論，別人對我無可指責。但我確實是學這一行的，而且搞了一輩子水利，我不說真話，就是犯罪。治理江河涉及的可都是人命關天、子孫萬代的大事！”
黃萬里的良知沒有人能理解，他的意見被“高壩派”的聲浪所掩蓋，三門峽工程以不可逆轉之勢上馬了。黃萬里為此失望、痛苦不已。1957年5月，憤怒的黃萬里在《新清華》發表了一篇名為《花叢小語》的小說。小說開頭的那首《百花齊放頌（調寄賀新郎）》也許是他此時心境的最好寫照：
綠盡枝頭櫱，
怎當他，春寒料峭，雨聲悽切？
記得梅花開獨早，珠蕾偏曾迸裂！
盼處士，杳無訊息。
桃李臨風連影擺，怯輕寒，羞把嫩芽茁。
靜悄悄，微言絕。
忽來司命護花節，
乘迴風，撥開霾氣，宇清如澈。
人世烏煙瘴氣事，一霎燻銷燼滅。
翻瀲灩，芬香洋溢。
好鳥百花叢裡舞，這當兒，鼓起笙簧舌。
心自在，任翔逸。
小說中，黃萬里批評北京市在馬路建設上違反施工常識，造成新建馬路到處翻漿，車輛無法通行。小說中有這樣一段話“盡說美帝政治腐敗，那裡要真有這樣事，納稅人民就要起來叫喊，局長總工程師當不成，市長下度競選就有困難！我國的人民總是最好說話的。你想，沿途到處翻漿，損失有多麼大，交通已停了好久，倒黴的總是人民！”
小說給毛澤東主席留下的印象激烈而惡劣，聯想起“黃河不可能變清”等反對三門峽工程的“惡毒語言”，黃萬里的滅頂之災不可避免地降臨——後來，黃萬里回憶說：“有一次，毛澤東遇見我父親黃炎培時很不高興地說：你們家裡也分左、中、右啊。《花叢小語》裡把實行百花齊放政策後的國內形勢，描繪成‘春寒料峭，雨聲悽切，靜悄悄，微言絕’。這是什麼話？”
“這是什麼話”成了1957年反右的前奏和對所有右派的喝問。這一年6月9日《人民日報》發表《這是為什麼》的社論，幫黨整風迅速轉為反右。1957年6月 19日，《人民日報》發表了毛澤東幾經修改的《關於正確處理人民內部矛盾的問題》的文章。但就在同一天的《人民日報》第六版上，在毛澤東親自題寫的“什麼話”的欄目下，發表了黃萬里的《花叢小語》。《人民日報》隨即連續刊登了批判黃萬里的文章，黃萬里一夜之間成了全國知名的大右派。
災難來臨，黃萬里從不低頭，被