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黃萬里的學生黨治國回憶自己的老師：“身材高大，寬肩厚背，西裝筆挺，兩眼放著真誠、睿智、和善、單純的光。他不是一位口若懸河的授業之師，更缺少伶牙利齒。但他一句句講來，卻又都那麼實在，實在得甚至有些笨拙。”
這位“缺少伶牙利齒……甚至有些笨拙”的清華教授在治黃問題上卻語出驚人：
“對於鐘錶只有鐘錶匠最瞭解，不懂的人不要亂動。自然就像一隻鐘錶。誰最瞭解自然？自然最瞭解自然。人類不要亂動……”
“河流有它自己的內在價值，因此它有自己的權利。”
“人類對自然要保持適度的敬畏。”
“技術能做到的就一定應該做麼？河流蘊藏的水能一定要開發麼？我們為什麼不能留給子孫後代一點？如果我們的祖先像我們一樣地開發黃河，會給我們留下一條什麼樣的河？一些淤死的廢棄的大壩、嚴重汙染、少得可憐的水流……”
說話從不轉彎抹角的黃萬里頗受人敬仰。他當年的助教說：黃先生最大的特點是為人耿直，敢說敢言，不管什麼時候，不管針對誰，他都照說不誤，口無遮攔。他的女兒對他的評價是：“他是一個誠實的人，政治條件合適的時候，他講真話；政治條件不合適的時候，他講真話；對他有利的時候，他講真話，對他不利的時候，他還講真話。”黃萬里的學生黨治國說，黃老師身上體現的科學精神和科學良心，他的挫折和堅持，他的努力和成就，他的堅強和不屈，將他塑造成一尊發人深思的、人格高大的塑像，矗立在中華大地上。
2001 年8月27日，他去世後，人們在唁電唁函中說：“黃先生是20世紀後半葉有良知的中國知識分子的典範，是20世紀中國水利史上的一道亮光，是20世紀優秀的中國傳統文化與現代西方文明珠聯璧合的最後幾顆僅存的碩果。先生一去，大樹凋零。先生為天下蒼生，不避斧鉞，言其所知，先生之頭可懸於國門之上矣！”
敢講真話的黃萬里是三門峽與三峽電站的堅決反對者。1957年6月，周恩來總理在北京飯店召集70名學者和工程師開會，給前蘇聯專家的大壩方案提意見，談看法。會上，所有人都異口同聲，對三門峽大壩的修建讚不絕口，認為大壩建成，黃河就會清水長流了。所有參會者，除水利部的技術員溫善章提出修改堤壩外，唯有黃萬里一個人從根本上否定了前蘇聯專家的規劃。在7天的研討會上，黃萬里據理力爭，與高壩派辯論了7天，到最後，會議成了以他為物件的批判會。
建三峽電站時，黃萬里又成了一個“孤獨的反對派”。比五十年代幸運的是，他的一家之言沒有受到政治打壓。
一度，敢於“言其所知”的黃萬里也曾受到毛澤東主席的欣賞。特別是他的詩詞贏得了在這方面頗有造詣的毛澤東的稱讚，主席曾對黃炎培說：你家老三的詩詞寫得不錯嘛！
可事隔不久，一篇小說和一首詩詞卻惹得主席勃然大怒並耿耿於懷。 1959年的廬山會議上，他還舊事重提：“有這麼一些中國人，說美國一切都好，月亮也比中國的好……”在指斥彭德懷時，主席也沒有忘記將黃萬里捎帶進去，說彭和黃萬里一樣腦後長著反骨！
其實，令主席耿耿於懷並惹得主席生氣發怒的最初原因是因黃河的治理。1955年，《黃河規劃》完成，周恩來總理在北京主持了關於黃河《規劃》的第一次討論會，在當時的政治環境下，參加工程規劃設計的幾百名科學家，沒有人敢對毛澤東欽定的三門峽工程說“不”，大家交口稱讚，只有黃萬里提出反對意見。他當面對周總理說：“你們說‘聖人出，黃河清’，我說黃河不能清。黃河清，不是功，而是罪。”
黃萬里認為：三門峽水利樞紐工程是建立在一個錯