觀道"、"敬賢"四箴。初創之時，崇尚佛法，不久，就以整頓為名，對各寺廟採取種種限制措施。靈隱寺僧十日"法難"慘劇再一次降臨，便主動把宋時朝廷所賜的杭、秀(今嘉興)兩州廟田一萬三千畝交還朝廷，以免滅頂之災。靈隱寺僧的這種做法，深得明太祖賞識，所以他把其中的部分田地賜還給靈隱寺。洪武三年六月初一夜，靈隱寺失火，損失較重。洪武十七年，住持慧明重建了覺皇殿，改寺名為"靈隱禪寺"。因一時資金不足，佛殿內的佛像直到永樂元年才增塑完畢，由僧善才募施裝修大佛諸天及諸供具。覺皇殿多災多難，至宣德五年再次毀於火災。宣德七年，由住持曇纘建左右翼門和麵壁軒，繼由住持良階重建覺皇殿。正統十一年，寺僧弦理建直指堂，堂額為張即之所書。這時，寺內已恢復建有彌勒閣、蓮峰閣、千佛殿、延賓水閣、望海閣及白雲庵、松源庵等，稍具舊時規模。隆慶三年，靈隱寺全寺均毀於雷火，僅剩直指堂。萬曆十一年冬開始重修靈隱寺，歷五年而成。大殿仿唐而建，用平頭柱四十八，石柱十六，改覺皇殿為"大雄寶殿"。萬曆十八年，重建理公塔，並在正殿塑五百羅漢湧壁。在彌勒閣舊址建三藏殿，其後為直指堂、方丈室。方丈室左為妙應閣，右為選佛齋，張瀚為之撰記。可以說寶寺歷經風雨磨難”。 無心方丈說道這裡忙咳嗽了一聲便不吭聲了。這工夫眾人走到了大雄寶殿的西側，原來這裡有一座特殊雄偉的大寶殿這便是藥師殿。
這時，護寺八大金剛首座本塵一打佛禮忙開口道：“阿彌陀佛，這座寶殿我來給大家介紹一下，請看藥師殿，它是靈隱寺的第三重大殿，長約20米，寬約12米，供奉的是"東方三聖"：藥師佛及日光天子、月光天子。殿中蓮臺座上結跏趺坐的是藥師佛，是東方淨琉璃世界的教主，稱"大醫王佛"，他能使眾生離苦得樂，解除病痛和災害，又稱"消災延壽藥師佛"。左邊站立日光菩薩，手託太陽，象徵著光明；右邊站立月光菩薩，手託月亮，象徵著清涼。大殿兩邊的十二尊塑像是藥師佛的十二位弟子，號稱"藥童"，又稱"藥叉神將"，頂盔貫甲，神態威武，手下各有七千神兵供調遣，他們按十二個時辰排序。殿左有重建的羅漢堂，陳列五百羅漢線刻石像。他們一路走，一
路觀看，從藥師殿外邊走進去，再從裡邊順著五百羅漢石像甬道往另外一個側門走了去。當大家一一走了出來之後，眼前出現了另外一座小一點的廟堂。無心方丈揮了揮手帶領著眾人，順著花草叢中的小石頭籽鋪設的小道走了過去。
這工夫八大金剛之一的本相和尚，加快了腳步先行走到了眾人前邊，甕聲甕氣地大聲說道：“阿彌陀佛，這裡是靈隱銅殿，全部是純黃銅打造的殿堂，裡邊五百羅漢堂內新建有"靈隱銅殿"，其高達12.62米，為中華第一高銅殿，獲世界基尼斯最高銅殿紀錄 。"靈隱銅殿"由杭州市佛教協會委託中國工藝美術大師朱炳仁主持設計製作，八易其稿，歷時400余天，計萬餘工而製成。"靈隱銅殿"為單層重簷歇山頂的傳統古建築結構，飛簷雕瓦，翼角飛舉，翼展達7.77米，底面5米見方。歇山頂上龍吻對峙，火球騰金，窗花、斗拱、雀替、龍柱、額、枋都精雕細刻，諸形工美，銅殿正方四面雕有四大佛山的自然風貌，或天蒼地茫，玉宇澄清；或古剎巍峨，大江環流，展示巧奪天工的鍛雕技藝。殿基有銅磚鋪地，須彌座鑄有佛山經典圖畫。銅殿運用現代表面處理技藝，金燦尊貴，光芒閃爍。現在前邊的是天王殿，還是請方丈自己說吧”。 本相和尚一路走，一路介紹，當他說完話之後，眾人已經跟著走出了這座靈隱銅殿。前邊一大片空地和一小片竹林子。這時本相和尚忙看了一下無心方丈，而後引導大家走進了小竹林子，當眾人走出小竹林子前邊出現了一座小一點的神殿。無心方丈朝著眾人哈哈一樂，忙一揮手帶頭走了進去