百個克隆體就被進一步的加強了能力的開發。原本在這兩年中就因為某些激進的實驗損失了24體的克隆體們就此開始了更加黑暗的生活。
然後過了一年，這一年對克隆體們來說是最黑暗的一年，一年過後克隆體們只剩下了整整30體。但是，還是隻有一個克隆體產生了等級還沒有達到lv1等級的能力。
004號，這是目前所有克隆體中編號最靠前的一體，只有她產生了不到lv1的能力。然後，鑑於第一批的數目已經過少，而且已經有了更加方便的克隆技術――在這三年裡面，學園都市的克隆體計劃在某個掛名為肌肉萎縮症研究所的實驗單位（沒錯，就是那個研究所！）的實踐下，使克隆技術邁出了堅實的一步，能以更少的消耗，產生更多的克隆體了――所以，除了004號之外，剩餘的第一批計劃進行一個計算會導致至少四分之三的個體死亡的實驗，以前不做是怕這一批的克隆體死光了會出什麼問題，畢竟，第一批都是單價在百萬日元以上的高價貨啊。
然後，在試驗的當天，意外發生了。被保留的004號突然從她的房間強行衝了出來――這讓所有的研究員目瞪口呆：004號所能控制、改造的是植物，不是什麼有破壞力的東西，再加上她的能力等級還沒有達到lv1，所以完全沒有人想到她能從上了鎖的房間衝出來。在那個瞬間，有人想到了解釋：是種子，004號剛好能夠催發種子發芽，雖然能力還弱，但是種子發芽的力量可能能夠頂開門鎖。但是，接下來的事情讓他們慌了手腳：004號展現出來的完全不是她自身能力等級所能擁有的實力，她直接衝進了食品庫，出來的時候，身邊懸浮著無數的水果和蔬菜，就這一點就已經不是她之前的實力能夠做到的了。然後，她走向了正在用她的同一批克隆人進行試驗的試驗場。然後，總負責人下了個命令：逮捕004號，但是要保證其安全，畢竟，004號突然展現出來的能力的大幅度的上升很讓人感興趣，之後，讓人不敢想象的一幕發生了……
004號的能力完全出乎所有人的意料，當兩臺警備機器人向她駛去，想要將她電擊倒的機器人，在半路上就化作了兩攤廢鐵――004號的手臂伸直兩枚柚子就飄到了她的手中，然後，這兩枚柚子在一瞬間脹大了三倍，然後以快到肉眼看不見的速度射向了警備機器人，在擊中的同時爆裂開來，將之打的粉碎。然後的事情就成了所有人的噩夢：脹大之後就變成了炸彈的水果：蘋果，橘子，榴蓮，西瓜，菠蘿……當一根黃瓜在脹大了將近六倍之後，以超過兩馬赫的速度擊穿了最後的一堵牆壁之後，004號便闖入了實驗場，然後破壞了所有的實驗設施之後，救下了還在生的12個克隆體。之後，在與負責人的不再讓生還的其他個體再次進行這些致命試驗的保證之下，004號選擇了投降――她別無選擇。
而為了安撫004號，計劃負責人決定暫時的停止試驗，對004號的能力進行了測試。之後，讓他們完全不敢想象的結果發生了：004號的能力以及完全的達到了lv5的水準，而更讓研究員們不敢想象的是，剩下的12體也全部的產生了和本體一樣的多重能力。雖然和本體一樣，都只對各自唯一一類的物體有效，但是，經過等級的測試，還是讓所有人幾乎下顎脫臼：三個lv4，三個lv3，六個lv2，沒有一個能力等級比本體低！這個發現讓所有的研究員真正的痛心疾首：死掉的那些，很可能會有其他的能力者出現啊！之後，新的克隆計劃展開，再次分四期克隆了總共九千五百個個體。而初期的個體，在抹消了以前的記憶之後，投入各個部門進行研究。而004號，可能因為那次爆發以及之後的記憶抹消以及各種實驗，在兩個月之後開始陷入時間越來越長的沉睡，直到一年之後，陷入了長期的睡眠。
而在此過程中，每隔一年生產的數