第100部隊以家畜和植物為主要研究物件，同時還研究畜類病菌對人類的殺傷能力。因此，這裡集中了大批細菌學、化學、生物學和獸醫專家。他們為了尋求運用毒菌大規模殺害人畜的方法，進行了烈性病菌和毒藥的研究和製造，並使用牲畜、植物和活人進行病菌的傳染實驗。
本部下設總務部和四個細菌生產研究部門，1940年以後，在大連、海拉爾(後遷至克山)、佳木斯、拉古(位於牡丹江市附近)等地建立了支隊。蘇德戰爭爆發不久，又在四平設立支隊，同時在關東軍所屬部隊中均設立了獸醫部隊，分駐克山、東安、雞寧、東寧、四平等地區，配合100部隊的細菌戰活動。
總務部下設兩個分部。負責整個部隊的總務、後勤、醫療、衛生等工作，另外還下轄一處種植實驗場。
第1部該部是實戰研究部門，下設若干分部。透過細菌和病毒的實驗，確立鼻疽、炭疽、傳染性貧血以及植物病毒的效能和傳染途徑。該部每年都要多次進行病毒、細菌的毒性實驗。
第2部是該部隊的主要部門，主要負責各種細菌、病毒的研究和製造。該部有20名軍官，30名研究員，50名技術員。
1943年前設五個分部。一是細菌分部，編有20人，由研究員西田和實驗員山口負責，從事炭疽菌、鼻疽菌的研究工作。還有一批人由高秋大尉領導，研製牛瘟病毒和羊瘟病毒；二是病理分部；三是實驗動物管理分部；四是有機化學分部；五是植物學分部，研究細菌毒害或傳染植物的方法。
1943年以後，由於戰局的發展越來越對日軍不利，若松部隊長多次說過&ldo;一旦同蘇聯開戰，第100部隊應當成為大量生產各種細菌和烈性毒藥的工廠，以便進行透過破壞性的細菌戰去反對蘇聯&rdo;。在這一方針的指導下，他們決定加強細菌的研究與生產，增設第6分部。該分部的任務是大量增殖細菌和在地下特種倉庫中儲存這種細菌。當時計劃在進行部分必要的裝置更新、人員補充之後，在1年內生產1噸炭疽菌、500公斤鼻疽菌和100公斤鏽菌。但裝置安裝計劃未能完成，經過4個多月的生產，只生產出200公斤炭疽菌、100公斤鼻疽菌和30公斤鏽菌。生產出的細菌和烈性毒藥都嚴密地儲存在鐵盒內，放進附設的倉庫裡貯藏。100部隊生產的毒品多為劇毒，如他們提煉成高純度結晶體的名為&ldo;桿菌&rdo;的毒素，能夠破壞動植物，使土壤、牧場、飼料長期中毒。將它研成粉末稀釋後注射到小動物身上，小動物就會立即因腸組織壞死而死亡。
第3部負責製造血清疫苗。
第4部負責飼養動物。
第5部是教育部，又稱531部隊。它負責培訓專業技術人員。起初關東軍的獸醫幹部候補生原則上都是東京陸軍獸醫學校負責培訓，1943年以後改由100部隊代培，畢業後，在關東軍內統一分配。獸醫下士官候補生則一直是由100部隊負責培訓的。
在1945年8月15日的前五天，若松命令該部隊與所屬支隊燒毀營房、器材，放掉飼養的各種動物。據100部隊2630支隊的桑原證實：撤退前日軍將鼻疽菌摻進燕麥裡讓馬吃掉，然後搗毀欄杆，把馬棚裡的60匹馬放到附近的村莊。銷毀罪證後，若松部隊長帶領部隊的全體人員連同家屬，乘一列專車經朝鮮逃回日本。
第一章侵華日軍細菌戰部隊：第五節第1644部隊 [本章字數：894 最新更新時間：2009-07-09 16:41:130]
駐紮在南京的&ldo;中支那防疫給水部&rdo;，是日本1939年前後在中國建立的三大細菌戰部隊之一。其代號為榮字第1644部隊，1943後改為登字第1644部隊。對外稱為&ld