斤鼠疫菌9月上旬已經運抵南京。原定運輸霍亂菌，現已改為鼠疫菌。9月18日，井本少佐與奈良部隊又一次確認了對寧波、金華、玉山等地的細菌攻擊計劃，決定在三市播散高濃度菌液。10月7日的日記中還記載:&ldo;至今已攻擊6次溫州雖作為攻擊目標，但台州不適合。&rdo;10月8日井本調回參謀本部第2處（作戰處），離開南京前與增田知貞中佐及其後任吉橋戒少佐進行了交班，井本說：從這一段的攻擊情況來看&ldo;c可能沒有出現效果，p或許會成功&rdo;。這裡所說的c是指霍亂，而p則指鼠疫。說明日軍當時對鼠疫有很大把握。
關於寧波地區的鼠疫戰的報導較多，其說不一，1994年寧波醫學科學研究所的黃可泰所長透過調查考證，更正了受襲擊的時間和死亡人數，出版了《慘絕人寰的細菌戰‐‐‐1940年寧波鼠疫史實》一書（東南大學出版社，1994）。
根據黃可泰的考證，1940年10月27日晨約7時，天色陰霾，一架單翼飛機在寧波地區上空散佈荒謬傳單，說&ldo;重慶正在鬧饑荒，民不聊生，日本人則豐衣足食，尚有餘糧來接濟你們&rdo;等謊言。下午2時許，日機再次飛臨寧波上空，撒下大量麵粉、麥粒。日機過後，當地居民就發現有許多紅紅的、種類怪異的跳蚤。時隔兩天，就有人染疫發病。30日晚，開明街口的滋泉豆漿店店主賴福生夫婦倆首先暴死。接著，隔壁的開明街王順興大餅店、胡元興骨牌店，以及中心東路的元泰酒店、寶昌祥服裝店，還有東后街一帶，相繼死人。11月1日上午10點，寧波（當時的行政區劃為鄞縣）東鎮鎮長給鄞縣衛生院打電話，報告開明街一帶發生了傳染病。當天下午衛生院的張方慶院長立即展開調查，發現死者多數是10月30日發病的，當時又發現了5例患者。檢查結果，發現有明顯的鼠疫臨床症狀。當即向縣政府報告。之後，寧波的患者與日俱增。至11月3日，已死亡16人。
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