何一方修建運河工程的財產不受侵犯，運河完工時，雙方將保護它，使其不受阻礙、劫奪或不公允的沒收，雙方共同保證運河的中立，以使該運河永久自由開放，所投入的資本穩固可靠。透過這一條約，美國排除了英國以武力獨佔運河的危險。
然而，《克萊頓－布林沃條約》是一個充滿妥協和折衷的外jiā檔案，存在許多漏dòng，它雖然使未來的巴拿馬運河中立化，但文字含糊不清、模稜兩可，執行中存在極大的爭議。1850年，美國耗資750萬美元在巴拿馬地峽修建連線兩大洋的鐵路，歷時五年完工，1849年，一家美國公司準備開鑿以格雷敦為終點的橫貫尼加拉瓜的運河時，英國人援引《克萊頓－布林沃條約》，指責美國侵犯了受英國保護的印第安人莫斯基託王國的合法權益，致使工程下馬，這個挫折讓美國人認識到在巴拿馬地峽開鑿運河才是一個最合算的選擇。但是，美國和新格拉納達的關係越來越差。
按照美國與新格拉納達簽訂的條約，從1846年起，美國公民獲得穿過巴拿馬地峽的權力。於是，á水般湧來的美國遊客帶來了美元，但在對北方強鄰懷有恐懼的巴拿馬人看來，這種經濟上的輸血卻幾近侵略，1856年更是發生了一起流血事件：當年4月15日，一名美國人在巴拿馬火車站購買西瓜時與攤主發生糾紛，拒付貨款，雙方遂起爭端，由於圍觀的巴拿馬人和美國人情緒jī動，衝突很快演變成一場持續數小時的槍戰。作客的美國人自然難討便宜，死傷31人，巴拿馬方面傷亡15人。
事件發生後，美國的特派全權專使警告新格拉納達政fǔ：如果拒絕迅速賠償損失，美國將立即佔領巴拿馬地峽。對此，新格拉納達總統的回答很簡單，但卻形象地反映了弱小民族的微妙心態：硬要使任何一個地峽的過客有權向我們的公民開槍，而我們的公民必須逆來順受，這是極不公平的，也是橫行霸道的，容忍這種屈辱的民族是不配生存的
然而，愛國的衝動和jī情的表白無法掩飾國家的虛弱。7月，2艘美國巡洋艦“獨立”號和“聖瑪麗”“號駛抵巴拿馬，9月19日，160名美國海軍陸戰隊員登陸，佔領了巴拿馬火車站，這才讓jī動的新格瑞那達政fǔ平靜下來。
1857年2月，兩國開始談判，美國代表提出巴拿馬城與科隆城應成為自治的自由港，兩國共管以巴拿馬鐵路為中心的寬約40公里的地峽，巴拿馬灣的某些島嶼要割讓給美國，賠償美國公民在事件中的一切損失。美國代表也表示，如果新格拉納達政fǔ接受這些條件，美國願支付200萬美元作為補償。然而，新格瑞那達政fǔ顯得毫無誠意，除賠償外，它拒絕接受其它條件，談判一直拖延到1865年美國南北戰爭結束後，才正式達成條約，而這個時候，兩國於1848年簽訂的條約已經即將期滿。
1867年1月23日，1848年的條約行將期滿，已經改名為哥倫比亞合眾國的新格拉納達照會美國，要求重新談判。12月，哥倫比亞將新約草案jiā給美國審議，該條約規定：哥倫比亞同意美國承建巴拿馬運河，提供修建運河的地區，對未來運河的中立，由兩國實行共同防禦，但此時的美國忙於南北戰爭的重建和1868年的總統選舉，因此遲至1869年1月14日，條約才正式簽署。
按照這份新約，哥倫比亞將巴拿馬運河開鑿權及運河地區租讓給美國，租期100年，期滿後歸還哥倫比亞，美國政fǔ不得將租讓權轉讓給它國，僅可轉讓給sī營公司。浮躁的哥倫比亞輿論認為條約遷就了美國的利益，群情jī奮，3月，哥倫比亞國會否決了這個條約。
1870年1月，兩國簽訂了一個補充條款，規定美**艦可以隨時透過運河而對美國的jiā戰國則實行關閉政策，哥倫比亞輿論又認為這一條款事