復經濟，休養生息，也就睜隻眼閉隻眼算了，但在第二個國戰年到來之際，如果武當派和忘情閣還對其放任不理，那就太對不起自己了，所以當武當派掌門飯炒蛋主動找到忘情閣高層提出要掃除這個不懂規矩的新生小派時，幾乎是不謀而合的兩派便定下了剿滅萬獸山莊的計劃。
以武當派和忘情閣的實力，要想滅掉萬獸山莊這樣的小派，簡直就是彈指之間，所以沒有任何懸念的，萬獸山莊的門派基地在突遭武當派和忘情閣數十萬高手圍攻後，瞬間化作了一片廢墟。
而且要知道，兩派圍攻萬獸山莊的時候，並沒有開啟門派戰，所以數十萬高手是在沒有死亡懲罰保護的情況下，就這麼一窩蜂地把人家基地給推了，可見一向被稱作老好人的飯炒蛋，其真實魄力遠大於丐幫的丐中丐，畢竟丐幫諾大的一個門派為了剿滅只剩下光桿司令慕容風的慕容世家，居然還畏首畏腳地開啟了門派戰機制。
有關剿滅萬獸山莊的計劃，方傑並沒有參與，只是事後才從依靈的簡訊中得知此事，對此，方傑倒也沒什麼異議，畢竟此前他早已交代過，內事不決問依靈，外事不決問忘情，他這個甩手掌櫃本來就不干涉。
況且，這門派大了，大家的野心也大了，一些決議他也未必左右得了，所以只要沒有損害到自己的利益，他也乾脆聽之任之了。
另一個消失的門派是青城派，不過青城派的玩家們則是以平和的甚至迫切的心情併入峨嵋派的。
之所以說平和，是因為青城派下都很清楚自己的門派實力太過單薄，雖然有一個武學大宗師掌門坐鎮，但比起江湖其他各派，底蘊還是差了許多，再加川蜀地區的複雜極其形勢，若還像第一個國戰年那樣附屬在峨嵋派下，恐怕難以生存下去，所以與其寄人籬下，還不如大大方方地加入實力雄厚的峨嵋派成為主人之一。
之所以說迫切，則完全是異性相吸的規律所造成的，偌大的一個峨嵋派，男弟子屈指可數，而整個青城派，女玩家也鳳毛麟角，所謂陰陽互補，又所謂男女搭配幹活不累，那麼青城派的男玩家們如此迫切地併入陰盛陽衰的峨嵋派也就在情理之中了。
至於門派武功體系問題？門派系統升級後，那根本就不是什麼問題……
除了以三個被除名的門派之外，江湖還有不少門派發生了變故。
比如在第一個國戰年期間加入南蠻國陣營的藥王谷，這次卻改弦易轍，轉而投靠了西洋國陣營。
這其中的緣由很容易猜到，一方面南蠻國被武當派和忘情閣阻擋在中原以外，使得藥王谷再難有進取之心，否則的話，他們就是下一個萬獸山莊，其次，川蜀地區的形勢又太過複雜，這趟渾水並不好走。
反觀沒有任何門派加入的西洋國陣營，雖說仍然難以進入到中原腹地，但其戰鬥特點是以火器為主，這個特點恰好與藥王谷的雜藝有著異曲同工之妙，所以兩者的結合便有了基礎，相信藥王谷的雜藝配合西洋火氣的話，定能在未來的國戰中佔有一席之地。
當然，佔有一席之地並不是藥王谷的根本目的，而是借用這個籌碼，與其他勢力國陣營換取相應的利益，因為一場國戰下來，明眼人都看出來這所謂的國戰其實就是一個香噴噴的饅頭，如何能在這面大大地咬下一口而不塞牙，那才是最關鍵的，至於什麼統一全國、稱霸武林，那都只是浮雲，不值得一提！
由於萬獸山莊被滅，藥王谷又改換了陣營，所以南蠻國陣營便暫時出現了真空，儘管南蠻國陣營所處的方位很雞肋，是藥王谷捨棄不要的，但仍然吸引了不少在第一個國戰年期間沒撈到什麼好處的門派加入進來。
比如一直鬱郁不得志的大輪寺，在第一屆國戰期間備受血刀門打壓，又被大理段氏拖進了消耗戰，所以這一屆國戰，便想自己獨立掌握南蠻國經營，