機關在保護民眾愛國主義熱情的前提下對遊行群眾進行積極引導和說服教育工作，通知同時要求，各大高校和廠礦企事業單位要對所屬人員加強管理，嚴肅校紀廠規，工人影響生產要下崗，學生影響教學要給予記過處分，應屆畢業生暫扣畢業證書。
12月9日上午，中新社發表頭條新聞，披露靖國神社被炸後，民國總統陳水扁曾打電話向日本首相小泉表示深切慰問，訊息傳出，臺北市上千群眾手持棍棒和大幅反日標語牌圍攻總統府，陳水扁在一片罵聲中發表電視講話，堅決否認曾打電話給日本首相表示慰問一事，並呼籲百姓保持冷靜，不要上了別有用心人的當。
同日下午
上海，南京，瀋陽等地日本駐華大使館受圍攻，示威群眾與維持秩序的警方發生衝突，數十名警察和市民受傷，上百市民被捕。
在日本
華人與日本右翼團伙的衝突仍在進行，日本警方起初出動大批警力，拘捕雙方人員數百人。至下午16：00左右，日本黑社會暴力團介入衝突，警方在高層授意下采取避讓政策，華人社群和產業慘遭打砸，在東京，當天有近百名華人華僑在和暴力團伙對抗中喪生或受傷。另有大批中國女留學生、研修生被日本武裝暴徒肆意強暴凌辱。
12月9日晚
中央電視臺發表重要社論：保持安定團結，愛國熱情要有度——警惕一小撮壞人藉機興風作浪。
12月10日晨，中國各大城市街頭出現防暴警察，在各地黨政機關強力干預和有針對性說服教育下，各地示威遊行浪潮逐漸平息。工人繼續上班，學生復課。
同日，日本《產經新聞》駐華記者發回報道：中國警方日前秘密捕獲非法武裝團伙怒龍軍三號頭目李懷漢，另有數名團伙成員在與警方對抗中被擊斃，中方對此訊息持沉默態度，不予置評。
第二十六章
12月12日形勢急轉直下
在臺灣外海，中方一艘“明”級潛艇與日本艦隊對抗時沉沒，據日本艦隊指軍官描述，當時中方潛艇不顧日艦隊警告，多次闖進艦隊演習區域，對艦隊安全構成重大威脅，在不得已情況下，對其進行驅逐行動，中方潛艇在逃竄時觸礁沉沒。
同日，中方外交部發言人發表措辭強硬的講話，對沉船事件表示震驚和抗議，指責日方以反潛演習為名，公然在公海追逐圍堵中方潛艇，並試圖逼其上浮，並導致中方潛艇沉沒。中方對此表示強烈抗議和氣憤，並保留回應權利。
12月12晚，北海艦隊主力與日本特遣艦隊對峙，東海艦隊主力亦向相關海域挺進，訊息傳出後，全世界各地股市連續暴跌。
在外交部發表講話的同時，中國解放軍總參軍事情報部展開調查行動，秘密逮捕包括北海艦隊副司令在內的十餘名高階軍官，在可靠情報基礎之上，經過艱苦的嚴厲審訊，終於在技術手段支援下取得關鍵口供。認定此次中日海上衝突為隱藏在海軍中的怒龍軍分子所策劃，目的是挑起中日全面武裝衝突。
美國政府發言人當晚發表講話，認為中日雙方應採取剋制態度。
中美首腦開通熱線，分別向對方闡述自已的立場並交換意見，一小時後，中方宣佈“解放17”軍演結束，並再度發表和平統一講話。同時警告臺獨分子不得輕舉妄動，得到中方保證後，美太平洋艦隊向關島海域轉移。
12月13日，日本國內各大報紙頭條訊息：中日海戰一觸即發，臺海之戰在即！
下午14：00時，臺灣當局宣佈“萬安28”演習圓滿結束，民國總統陳水扁向媒體說：鑑於臺海目前的緊張局勢，原定年底舉行的全民公投暫時取消，但臺灣決不放棄尋求民主自由的道路，臺北市長馬英九在稍後亦發表演講，認為一箇中國是根本，並大力抨