及代理船政大臣等官員，都說新輪機在使用時發生故障是各國通見的正常現象，需要隨時發現、調校、修理，以求磨合。
鮮為注意的是，楊昌浚轉引的船政提調的解釋中，實際有幾句非常可怕的錯誤。當時船政大臣沈葆楨因為父親病故，再次守制，船政事務由原船政提調夏獻綸代理，在解釋輪機事件時夏獻綸急中出錯，竟然將“萬年清”和“湄雲”搞混，稱“湄雲”1869年北上天津檢驗時並未查出輪機有問題，以此為據，論證輪機故障事發突然，並非是採用了二手舊貨所致。1869年末“湄雲”艦才剛剛下水，根本沒有可能北上航行到天津接受檢驗，船政歷史上惟有的建成完畢後前往天津候驗的軍艦是“萬年清”。幸虧這一重大紕漏未被不關心船政事務的保守派發覺，否則後果不堪設想。
一波未平一波又起，“湄雲”在寧波的第二樁特殊事件發生在1871年6月28日夜間，當時“湄雲”艦停泊在寧波，船上部分水兵放假登岸，未料與駐在寧波，由海盜招安而來的綠營水師廣東籍水勇發生口角，幾乎形成械鬥。幸虧“湄雲”輪水兵人單力薄，隨即躲避，沒有釀成大禍。楊昌浚之所以稱“湄雲”不適用於浙江，最主要的原因就是此事，擔心“湄雲”艦此後與浙江水師無法和睦相處，所以要求更換一艘其他軍艦。（22）
保守派在“湄雲”事件上沒有抓到一丁點把柄，而洋務派在撤銷船廠問題上的反擊力度倒是越來越大。創辦福建船政、江南製造局的中興功臣們群起反擊，左宗棠、李鴻章、沈葆楨等大員紛紛上奏辯論，最終撤廢一事不了了之。
在浙江碰壁的“湄雲”艦有些無精打采地回到船政，管駕吳世忠被調任新造的“飛雲”艦管帶，由都司楊益寶接任“湄雲”管駕一職。1872年應盛京將軍申請，“湄雲”艦撥往奉天牛莊口岸（營口港），所需經費、薪糧從牛莊海關四成洋稅項下支應。1872年8月13日，楊益寶管帶“湄雲”從馬尾出發，首先渡海至臺灣基隆裝載燃煤，19日裝載完畢後鼓輪北上，23日抵達上海購買各項物料，30日從上海起行，於9月4日到達牛莊營口港。盛京將軍為訓練人員，專門從八旗水師中調出50名旗兵編入“湄雲”艦，從此“湄雲”艦成為北洋的一艘巡防炮艦，（23）後來以在北洋海面捕獲巨盜而聞名。
由於北方海面冬季冰封，按照三口通商大臣等的安排，“湄雲”艦每年冬季按例返回福建船政維修保養，到次年開春再北上。正因為此，彷彿與這艘軍艦冥冥中有種緣份，曾經的湄州營遊擊、“湄雲”首任管駕吳世忠後來又有了一次、也是最後一次與這艘軍艦的合作。
1879年3月13日，運送官鹽的商船“金長成”號在馬江口外的赤嶼洋麵遭遇大風，桅杆折斷，船內漏水，被迫駛入附近的松下港口（在今天福建長樂境內）避風待救。得到警訊，為了拖出這艘商船，船政派已升任提督銜記名總兵、船政艦隊督操（即船政艦隊司令），兼任“揚武”艦管駕的吳世忠設法前往救援。由於松下港口水淺，以“揚武”的吃水根本無法靠近，於是吳世忠改挑選南下過冬的80馬力軍艦“湄雲”，親自上艦督率前往。
“湄雲”冒險到達松下港口，海上狂風惡浪連日不息，無法拖帶商船返回。在港口中被迫等待了數天之後，看到商船船員焦急萬般，19日午後，吳世忠命令起錨等待風浪稍定就立刻拖帶商船返回。根據當時同在“湄雲”的“揚武”艦大副鄧世昌報告，恰在此時，吳世忠突然中風，不省人事，不幸在“湄雲”艦上去世。（24）
“湄雲”到達北洋駐防後不久，她的身影便不再孤單。“湄雲”的改型姊妹“鎮海”於1872年7、8月份竣工，北洋大臣李鴻章立刻洽商船政，要求將“鎮海”調撥給北洋，由陸倫華管帶於當年9月25日抵達天津大沽，