南至大連。於1897年8月和中東鐵路幹線同時動工，自旅順向北、自哈爾濱向南同時鋪設，1902年12月完工，1903年7月通車。
日俄戰爭期間，中東鐵路支線旅順至公主嶺段被日軍佔領。而為管理南滿鐵路，日本於1906年11月26日成立南滿洲鐵道株式會社，總部設在東京。
這個南滿洲鐵道株式會社可不只是一個簡單的鐵路公司。而是日本在東北境內建立起的一套完整的管理機構的重要組成部分。與關東廳、關東軍司令部、日本領事館三大機構並列，分別從政治、軍事、外交和經濟等方面對中國進行全面滲透和控制。
“南滿洲鐵道株式會社”第一任總裁，曾在臺灣當過臺灣總督府民政長官，醫生出身，卻先後在臺灣處死過33000多人，直接抹煞了臺灣百分之一人口的後藤新平曾說，“日本在滿洲必須重點經營鐵路，其餘依次為開發煤礦，從本土移民和發展農業、畜牧業。如此才能有實力與俄國再次進行決戰，或者為全面佔領中國作好準備。”直接點明瞭滿鐵作為日本侵華先頭部隊的身份。
而日後，在一系列的歷史事件之中，滿鐵也確實體現了其對日本侵略的重要性。
1914年8月，第一次世界大戰爆發。1915年1月18日，日本駐華公使日置益就晉見袁世凱，向中國提出“二十一條”，要求北洋政府承認日本繼承德國在山東的一切特權；並意圖把中國的領土、政治、軍事及財政等，都置於日本的控制之下。此後日本透過武力威脅，發出最後通牒，最終在5月9日迫使袁世凱政府接受“二十一條”。二十一條中，第一條是要求北洋政府“承認日本繼承德國在山東的一切權益，山東省不得讓與或租借他國”。第二條就與南滿鐵路有關。日本要求將“旅順、大連的租借期限”和“南滿鐵路、安奉鐵路的管理期限”，均延長至99年。這些條款都是為了將日本透過戰爭侵佔的利益法理化、最大化。
二十一條引起了全中國的反日浪潮，可日本還是得到了巨大的利益。之後，1931年9月18日晚上，日本“關東軍”，按照預定的陰謀，將瀋陽北郊柳湖附近南滿鐵路的一段路軌炸燬，反誣中*隊破壞鐵路，襲擊日本軍隊。以此為藉口，日軍當即向瀋陽進攻，6小時後，將瀋陽全城佔領，釀成震驚中外的“九。一八”事變。
可以說，在“二十一條”和“九。一八”事變之中，滿鐵雖然只是配角，但其重要作用已經體現無疑。那麼，日本關東軍的出現，到發展，就跟滿鐵有著巨大的關聯了。因為，正是由於滿鐵，才有的日本關東軍。由於在日俄戰爭中取得了勝利，日本又取得了在南滿鐵路沿線每10公里可駐兵15名的權利。於是，日軍自1907年開始，在南滿鐵路便長駐有1個師團和6個鐵道守備隊，總兵力達一萬餘人。這就是後來席捲大半個中國的“日本關東軍”前身。1919年4月12日，關東廳實行軍政分治，以原陸軍部為基礎，另組成了關東軍司令部，管轄南滿鐵路駐軍。關東廳為最高行政司法機關，關東軍司令部則為最高軍事機關。至1931年，磨刀霍霍的關東軍，在蟄伏12年後，策動“九。一八”事變，四個月佔領東北全境，兵力急劇擴充。1931年關東軍僅有3個師團，1932年達到6個，1933—1936年保持5個師團的兵力，1937年達到7個，1938年9個，1939年11個，1940年12個師團。到1941年日本偷襲珍珠港前，關東軍的總兵力已經達到31個師團，人數上升到85萬人，號稱百萬。
這支喪心病狂的軍隊，在華期間製造了一系列戰爭罪行，包括策劃皇姑屯事件、發動九一八事變、扶植偽滿洲國、組建731細菌戰部隊、製造了平頂山慘案、依蘭大屠殺、老黑溝慘案、朝陽下五家子村慘案、通北縣白家堡子村屠