代條件和他自身條件的限制，他卻提出了一種新的命定論。他認為，人性善惡與命之吉凶是兩個不同的命題，不能混為一談。他把人的稟命分為“壽命”和“祿命”兩種，認為人壽命的長短是決定於稟氣的厚薄，積善行德並不會延長壽命。在談祿命問題時，他提到了許多社會的因素都會對人的祿命發生作用。但王充對決定祿命的種種社會因素又找不到合理的解釋，最後仍歸之於稟命，即一切都是命中註定的。王充的命定論沒有退到神學的天命論中去，而是一種自然必然論，即自然命定論。王充認為自然界皆受自然的必然性的支配，同時，這個必然性也決定著人類的吉凶福禍與富貴貧賤。他否定了超自然的力量，但又把自然本身神秘化。他盲目崇拜自然的必然性，進而把這種必然性運用到社會領域，排除了人的任何主觀能動作用，完全聽任一種必然的安排。他雖然反對神學宣揚的天意決定一切，但他以自然的必然性代替了天意。這種自然命定論，不可避免地陷入神秘的宿命論，教人幽居俟時，坐待命運的安排。這比荀子的自然觀後退了一步，也是王充無神論的最大侷限。
王充繼承了前人的唯物主義觀點，探討了物質世界的本原。在宇宙觀上，認為“元氣”是天地萬物的原始物質基礎，確立了唯物主義氣的一元論。王充認為，氣充滿了宇宙而無限，是沒有具體形體的物質元素，萬物皆由這個物質的氣構成。而萬物的差異，都是由於稟氣的不同，即“因氣而生，種類相產”（《物勢篇》）。氣是無知無慾的，構成萬物是自然而然的，“天地合氣，萬物自生”（《自然篇》）。氣的一元論和萬物自然生成說，是王充唯物主義自然觀的核心。這個自然觀，是對神創論和目的論的否定，也是王充反神學的理論基礎。
王充同從西漢董仲舒到東漢班固《白虎通義》的神學體系鬥爭的焦點，是天是物質的還是有意志的問題。王充認為，“夫天者，體也，與地同”（《祀義篇》）。明確指出天與地同是體，從氣的本原論論證了天的物質性。既然還天地自然以本來的面目，根絕了天的神秘性，就與《白虎通義》劃清了把氣當作神秘精神的界限，也就否定了天地“故生人”，“故生物”的神學目的論。王充認為，自然界萬物生長變化是萬物本身自然而然的“物自化”，“物自成”，沒有一個神秘的天在有意識地安排、主宰。他對神學編造的“君權神授”、天人感應與譴告說一一進行了批判。王充還提出了“末世衰微，上下相非，災異時至，則造譴告之言矣”（《自然篇》）的觀點，這接觸到了神學的社會根源，是很可貴的。王充的自然天道觀，從哲學上來說是進步的，從當時的科學水平來說則是落後的，但王充不是科學家，所以就不能苛求於他了。
王充又從生活常識、事實效驗、自然知識、邏輯推論及形神關係等方面論證了世間無鬼，並否定了鬼能禍福於人。有些論證雖然簡單樸素，但頗生動而又具有說服力。王充雖然對鬼神迷信作了全面細緻的分析批判，並從理論上給予無神論的解釋，但因受時代的侷限，還遠不能對顛倒的觀念給予科學的說明，因而存在著不少的漏洞。如他雖然否定了人死後精神《靈魂》脫離形體而存在的鬼，卻又承認有一種實實在在的鬼，即妖。如他在《論死篇》中說：“人死精神昇天，骸骨歸土，故謂之鬼。”這就與人死神滅的命題相矛盾了。不過王充沒有由此而倒向承認有超物質的鬼神存在。王充思想上的這種侷限，當然不能科學地解釋形神關係，更不