這場激烈的水上戰鬥進行了差不多一個時辰之後，宋軍顯露出了頹勢。
宋軍水兵或許在技術上略勝一籌，但是在體力上弱於明軍水兵。
明軍士兵一天三頓飯，頓頓都能吃飽飯，所以身強力壯，氣力十足，打起仗來持久度也比較高。
而比起明軍來，宋軍的體力就沒有那麼充足，在激烈的搏殺之中漸漸落於下風。
正午時分，明軍透過接舷戰、跳幫戰已經成功奪取了二十多艘宋軍戰船，又擊沉了宋軍二十多艘戰船，並且利用這些宋軍戰船對其餘的宋軍戰船展開了衝鋒，擊潰了宋軍第二次的進攻。
宋軍損失慘重，而明軍的損失還不到宋軍的三分之一。
然後，明軍的反攻開始了。
明軍以大量戰船壓上，先用大火箭攻擊，稍微近點又用雷神炮、石塊、弩箭、火油發起攻擊，宋軍儘快進行了激烈的對抗，同樣使用震天雷、石塊和火油反擊明軍。
儘管如此，宋軍在戰船數量上和攻擊頻率上的落後使得他們漸漸處於下風，不能和明軍高頻率高烈度的攻擊相抗衡，以至於戰船受損嚴重，且為明軍犀利火器所震懾，開始潰退。
一開始，這只是幾隻戰船潰逃，並沒有影響其他戰船的奮勇抗擊，其他戰船依然在奮勇抵抗，沒有放棄。
但是很快，瓜洲水師主將吳超看著自己只剩下不到五十艘戰船，而明軍水師越戰越勇，大量戰船包圍過來，儼然一副要把他全軍給一口氣吃掉的架勢，非常驚恐。
驚恐之下，吳超很快失去了戰鬥意志，不能再堅持劉錡【不惜一切代價死保瓜洲渡】的命令。
他看了看江北岸的黑煙，想了想抱著一身病依然堅持戰鬥的劉錡，心中一陣羞慚。
而就在他做心理鬥爭的時候，一支明軍戰艦發射的大火箭擊中了旗艦的右舷，轟隆一聲巨響，他被震倒在地，慌忙爬起來之後，他心中的掙扎已經不存在了，什麼劉錡，什麼往日的恩情，在生命危險的威脅之下已經被他全部忽略掉了。
吳超最終做了逃將，下令旗艦立刻向南岸港口處轉移、逃跑，不再堅持作戰，然後下令水師撤退。
旗艦帶頭逃跑，瓜洲水師其餘戰艦看到了，也不打了，趕快跟著一起逃跑，原本咬牙堅持的戰艦也失去了戰鬥意志，只想著逃跑。
因為吳超只顧著自己儘快逃跑，下達了撤退命令之後卻沒有指揮有序撤退，以至於整個宋軍水師變的混亂起來。
宋軍水師為了撤退而變得混亂，可明軍水師依然保持著進攻姿態，於是宋軍戰船不能應對明軍船隻的配合，被紛紛擊沉、奪取。
周滿城很快確定南宋水師正在倉皇逃跑，他大喜過望，意識到這一戰他獲勝了，瓜洲渡即將被明軍徹底控制，他立刻下令，率領全軍揮軍壓上，戰船全部出擊，進入總攻狀態。
瓜洲水師殘餘的船隻不能抗衡，撤退很快變成了潰逃，而明軍水師一直追擊，一直追到了瓜洲渡江南港口處，將瓜洲水師基本上全部殲滅了。
瓜洲水師剩餘的戰船不是被明軍炸燬就是被明軍撞沉、拍碎，還有一些船隻被包圍之後主動投降了，免於被擊沉。
吳超放棄戰鬥之後逃跑的速度超快，倉皇丟棄旗艦南下逃跑，很多水軍也試圖一起跟著跑，但是紛紛在港口處被明軍火器擊殺。
周滿城隨後派兵搶灘登陸，一邊喊著【大明勝利了】【劉錡已敗】等等震懾人心的口號，一邊擊潰了南宋的港口守軍。
兩炷香的時間之後，周滿城麾下水兵就成功奪取了江南港口，成功控制了瓜洲渡南北航線，完成了明軍南下的第一階段目標。
周滿城控制港口之後立刻派人回到江北通知周至，向周至請求援兵，以便完成登陸，更進一步向鎮江府發起