在日本的細菌部隊中，只有第731部隊用炸彈炸毀了全部設施。南京與廣州的細菌部隊並沒有這樣做。這是因為，在細菌戰問題上，日本害怕受到國際社會譴責的只有兩點，一是進行活人人體實驗，一是實際使用生物武器。1925年的日內瓦議定書中並沒有禁止貯存或製造生物武器。在進行人體實驗和開發使用武器這一點上，南京的1644部隊（多摩部隊）的所作所為跟第731部隊如出一轍，所不同的只是規模略小一些。兩者之間的不同就在於第731部隊從設計之初就建有關押用於解剖的活人的牢房，並有四周貼有瓷磚的專門的人體解剖室。如不加以銷毀，就很容易被蘇聯發現而被追究戰爭責任。而南京的1644部隊所在地是原南京中央醫院，關押被實驗者的地方只是頂層的四樓，很容易恢復成原來的樣子，不易留下犯罪的證據。其他地方的細菌部隊也是一樣，比如北平的細菌部隊在北京中央防疫處，廣州的在中山大學醫學系。
日本戰敗後，石井四郎回到日本，對石井等人而言，最重要的就是能免除對戰犯罪責的追究。石井將其在研製細菌武器時以3000個中國人、蒙古人、朝鮮人、英國人、美國人和蘇聯人的人體實驗記錄和在中國戰場實施的細菌戰、屠殺中國軍民、破壞農牧業生產的經驗，總結出四篇文章，作為換取其本人及其3000名部下的生命安全的交換條件。這四篇文章是：1《用活人作細菌武器的試驗報告書》，由19人執筆，共60頁。
2《對摧毀農作物的細菌戰研究》，長達20頁。
3《關於對牲畜進行細菌戰的研究》，由10人執筆。
4《20年來對細菌戰的全面研究總結性文章》，石井四郎執筆。
還附有8000張使用細菌武器進行活人人體實驗和活人解剖的幻燈片。
1945年之後，日本準備細菌戰的事實已經毋庸置疑。由於美國也試圖從事生化武器的研究，因此急於搞清日本細菌武器研究的水平和細菌武器的使用情況。但是由於第731部隊銷毀了日本細菌戰科學家的名單，使美國人無法找到審訊的物件。在這種情況下，美國只能從軍事入手進行調查。1945年8月下旬，在美國陸軍部的要求下，麻省理工學院院長康普頓率領科學家赴日進行調查。同時，美國生物戰研究中心狄特里克堡也派遣桑德斯中校隨行，調查日軍生物戰的情況。
大約在1945年底或1946年初，美國情報機關陸續找到五名大佐與少將級的第731部隊聯絡人員，雙方在鎌倉市的高階旅館中展開談判。這就是所謂的&ldo;鎌倉會議&rdo;。在會議過程中，石井四郎以公開所有實驗內容和細菌武器技術為條件，要求美國以書面保證其免罪，只有不追究他本人及其上司、部下的戰犯罪責，他才願意將內容詳細供出。石井一再聲稱他們是具有高水準的理論基礎及專業知識的研究者，其所擁有的研究成果中，有幾項是針對專用於遠東地理條件之生物武器用病原體。同時，他們也開發出依此研究而衍生的生物戰攻防戰略、戰術及使用方法。此外，針對寒帶地區所使用的生物戰方法亦在研究之列。由於這些內容深具戰爭與醫學價值，因此桑德斯一面將石井口述內容交給麻省理工學院院長康普頓，請其轉交給五角大樓的高層官員，同時與麥克阿瑟、威洛比商量是否免除石井四郎等生化部隊相關者的戰犯身份問題。桑德斯在日本只住了10個星期，在此期間，審訊了很多日本軍界高層領導人，包括陸軍參謀總長、前關東軍總司令梅津美治郎、石井的副手增田知貞、細菌炸彈專家金子順一，但未能見到石井四郎。後因病回國，美國又派湯姆森接替其工作，繼續對石井部隊進行調查。
湯姆森到達日本的時候，正值國際遠東軍事法庭將對日本甲級戰犯進行開庭審判。同時，第731部