細菌作戰日本天皇裕仁無疑是知道的。在具體執行過程中，當地的中國派遣軍擔心由於防護不夠而自己受害。後宮淳參謀總長也擔心己方受害，癩俊六則提出使用細菌對美軍飛機新近停留中轉的桂林、衢州進行攻擊，對在自己的防區內進行細菌戰態度不太積極。最後中國派遣軍司令部決定採取不損害己方的辦法，即在日軍開始攻擊、中國居民逃亡後開始播散細菌，待日軍撤退後，使返回家園的中國軍民受到感染。老百姓返回來就會被傳染。並規定攻擊將在8月中旬之後進行。
關於細菌戰的實施情況，《井本日記》在7月26日作了如下的記述：&ldo;贛州、建甌等地依然事先低空播散了細菌，而對桂林、衡陽的細菌攻擊可與協同炸彈一起行動。&rdo;可以得知，7月中旬在贛州、建甌等地已經空投了細菌，實施了細菌戰。
地面的細菌攻擊則根據中國派遣軍的既定方針，採取不損害自己的方法。8月28日的《井本日記》記載，長尾參謀寫了關於浙贛地區細菌戰的報告，內容如下：1廣信（a）鼠疫毒化跳蚤，（b）施放注射鼠疫病毒的老鼠。
廣豐在大米中摻拌鼠疫跳蚤乾燥菌，企圖實現&ldo;老鼠-跳蚤-人&rdo;的傳染途徑。
江山（a）直接投入井中，（b）附在食物上，（c）注射進水果。
常山同上衢縣傷寒、鼠疫跳蚤麗水傷寒、鼠疫跳蚤2在南京集聚（細菌）彈藥，空運至衢州，再使用汽車運抵目的地。
3作戰人員110人，1/3乘飛機，其他乘汽車從杭州出發，8月3日到位展開。
4與地面作戰的關係：撤退後開始細菌攻擊。
8月19日夜，第15、22師團開始從最南端的廣信、廣豐開始撤退，以731部隊為主體的細菌戰部隊按既定計劃進行了細菌攻擊。現已查明，對廣信、廣豐、玉山用鼠疫菌進行了攻擊；對江山、常山用霍亂菌進行了攻擊；對衢州、麗水用傷寒菌和副傷寒菌進行了攻擊。而且，鼠疫菌是採用了播撒跳蚤、施放老鼠、往大米中摻和乾燥鼠疫菌等方法；霍亂菌則用了投放水井、黏附食物和注射水果等方法。這次攻擊，選擇了多個地區，而且不同的地區使用了不同的菌種，採用了不同的方法，很顯然，是以一般平民為物件進行的細菌戰。
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