關於這裡的內幕，東北抗聯的負責人之一馮仲雲在《東北抗聯十四年苦鬥史》的回憶錄中，曾有過記述。書中說：背蔭河裡關押的人都是日偽當局從中國東北的各&ldo;矯正院&rdo;、收容所中秘密解押過來的。這裡伙食比較好，幾乎每頓都能吃上大米、白麵，有時還能吃上肉菜，逢年過節還能喝上酒。這裡的犯人雖然&ldo;罪行&rdo;不重，但都戴著手銬腳鐐。更為奇怪的是一旦被提審，則很少有人回來。監號中人少了之後，很快又會有新的人補充進來。據日軍解釋說，被提審的人都得病死了。有時還真有幾個人回來，但都&ldo;病&rdo;得不輕，關在單獨設立的牢房中。被關押在背蔭河的人們，直到死亡臨近才解開迷漫在心中的疑雲。他們都是被秘密地押進地下室，分別被綁在牆壁的鐵勾子上，穿著白大褂的日本軍醫用粗大的針管強制在他們的動脈上抽血。失血過多身體虛弱、沒有使用價值後，日軍就將他們處死，然後拉到焚屍爐焚燒，骨灰就地掩埋，不留痕跡。
1985年日本《每日新聞》公佈了關東軍副參謀長遠藤三郎的日記‐‐‐《將軍的遺言‐‐‐遠藤三郎日記》。在日記中有&ldo;被試驗者一個一個被嚴密地關在柵欄裡，把各種病原菌移植於活體內，觀察其病情的變化&rdo;的記述。日記中還記述了1933年11月16日遠藤視察&ldo;交通中隊&rdo;時看到毒氣試驗班和電氣試驗班使用兩名&ldo;共匪&rdo;進行試驗的場景。
日記中的&ldo;交通中隊&rdo;實際上就是背蔭河細菌實驗場的代稱。石井的加茂部隊下設兩個部（又稱大隊），一個是總務部，一個是研究部。研究部又分設兩個中隊，其中&ldo;南棟中隊&rdo;從事防疫給水研究，設在本部大院內；&ldo;交通大隊&rdo;從事細菌研究，設在背蔭河。
在1932年到1937年共計五年的時間內，石井四郎在背蔭河做了大量人體試驗來驗證細菌武器的有效性，研製了大量的細菌戰劑裝備部隊。在這個時期，發生了在押人員逃跑事件，使得背蔭河的秘密難以保全。1934年，又發生了背蔭河武器彈藥庫不明爆炸事件。這次爆炸究竟是日軍自身不慎引起的，還是抗聯炸的，至今無歷史資料可查。但當時的中馬大尉為此追查責任，致使警備隊的兩個班發生流血衝突倒是事實。由於這些原因，石井四郎以&ldo;失火&rdo;為由，正式決定將背蔭河的細菌工廠和實驗室轉移。其研究人員先行撤走，留下部分人員善後。機器裝置拆卸後運向哈爾濱，拆下來的房架子、門窗等賣給村民，至此，背蔭河營區變成廢墟。
1936年，日本天皇同意石井四郎的搬遷計劃，下令搬遷。
石井將背蔭河的設施搬遷至哈爾濱東南郊的平房鎮並予以擴建。
同時又在長春建立一所對牲畜和農作物進行細菌戰的研究所。在平房鎮的細菌戰基地於1936年動工，1939年完工並投入使用。
二戰結束後，遠東軍事法庭沒有追究日本天皇的戰爭責任，這實際上是美國人與日本人之間的交易，並不能說明天皇沒有戰爭責任。天皇有戰爭責任是一個不容爭辯的事實。實際上731部隊也是在天皇的直接&ldo;關心&rdo;之下成立的。
在蘇聯伯力審判時，關東軍作戰部長松村知勝說：&ldo;我記得第731部隊是在1936年間遵照天皇敕令成立的。&rdo;原731部隊生產部長川島清少將承認在檔案中親眼看過這道敕令，並說：&ldo;天皇於1940年，還頒發了一道新的敕令，責成將部隊遷移至哈爾濱城南30公里的平房鎮地區此外，1940年天皇還命令將部隊擴充至3