部隊運送中國人使用的載重量為四噸的卡車，叫做&l;移送特別車&r;，都偽裝成公共汽車的樣子。&rdo;據日本憲兵署的檔案記載，自從1939年起，就有&ldo;特別移送&rdo;之事，日本關東軍憲兵司令城倉少將於1939年下達過將30名俘虜&ldo;特別移送&rdo;到石井部隊的第224號命令。命令明確規定：&ldo;第二批特別移送人員約90名除留下60名送到目的地外，其餘的人在哈爾濱站即交付石井部隊長。&rdo;並要求&ldo;須事先將應交付石井部隊的人員區別開來，以免在交付時發生延誤&rdo;。
還要求&ldo;哈爾濱憲兵隊長須與石井部隊長取得密切聯絡，保證在哈爾濱站及以後途中竭力防止外國偵探，並採取必要監督辦法&rdo;。
凡是&ldo;特別移送&rdo;的&ldo;犯人&rdo;，都被關東軍憲兵隊用特別囚車或專用汽車押送到各細菌部隊。在運送期間，為了保密，沿途戒備森嚴，關東軍憲兵司令部曾頒發特別命令，&ldo;特別輸送&rdo;的&ldo;犯人&rdo;，都要戴上手銬腳鐐。
曾在第731部隊動力班當過勞工的人證實：差不多每星期六下午都有一輛囚車開來，把在押人員從南門或東門押進&ldo;兵營&rdo;(當時中國人稱呼四方樓的大院為&ldo;兵營&rdo;)，只見成年累月地往裡抓人，但從來沒有一個人能夠活著走出來。這些被抓來的人都押在&ldo;方型樓&rdo;中間的秘密監獄裡。
據原第731部隊細菌生產部長川島清在伯力軍事法庭上供認：從1940年到1945年8月，每年有五六百人被&ldo;特別移送&rdo;到第731部隊。偽滿陸軍憲兵隊日本顧問立花武夫供稱：&ldo;我管轄下的憲兵署特務處所審訊的一些人，必須予以消滅&rdo;，&ldo;在這些人當中，有極端仇視日本的在滿洲的遊擊隊員，我們把他們送到第731部隊加以消滅&rdo;。
石井四郎曾竭力要求增加按&ldo;特別移送&rdo;手續運往第731部隊的人數。因此，每當憲兵隊長或特務機關長前往該部時，石井總要親自帶他們視察第731部隊的細菌實驗室和監獄，使他們相信，凡是被押送到第731部隊的人都是真正被消滅了，新到的&ldo;犯人&rdo;也要作同樣的處理。前哈爾濱日本憲兵署副官木村在被審訊時供認：&ldo;在一次石井與哈爾濱憲兵署長春日芳談話時，石井四郎說，相信將來和過去一樣，繼續得到被捕的人做實驗。&rdo;在中國東安縣當過憲兵隊長的上坪鐵一中佐，曾隨日本&ldo;中國歸還者聯絡會(正統)&rdo;第五次訪華團於1978年7月19日下午來到哈爾濱市平房，他懺悔地說：&ldo;1944年經我手批准把22名稱為&l;間諜&r;的中國人送到石井部隊做了細菌實驗，這實際上是我殺害的，我是有罪的。戰後30多年來我一直感到不安，今天我有機會到中國平房，終於找到了賠禮謝罪的機會。&rdo;
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