年發生10例腺鼠疫和2例肺鼠疫，死亡11例。1947年4月發生腺鼠疫1例，治癒，此後該縣未再有鼠疫病發生。
328例鼠疫病人的年齡、性別構成：最小的為18個月，最大的為70歲。其中30～39歲組的發病為最多。性別比接近1：1。在鼠疫流行的1941年，衢縣城內家鼠鼠疫猛烈流行，當局在4～12月間對2588隻老鼠進行了解剖檢驗，發現總陽性率為5191，其中6～7月份的陽性檢出率最高，達到了24149和12174。
日軍投放鼠疫細菌武器引起的衢縣鼠疫，從1940年開始出現病例，直到1948年疫情被控制，流行時間長達8年，導致328人感染鼠疫。在衢縣鼠疫流行期間，由於人員流動，疫源向外大量擴散，致使龍遊、蘭溪、上饒等地也相繼出現人類鼠疫和動物鼠疫的流行。
除寧波外，金華地區也受到日軍細菌武器的進攻。1940年12月27日，浙江省衛生處長陳萬裡等人赴衢縣視察鼠疫防治情況，途經金華時，看見敵機一架散佈白色物品，並冒起一縷白霧，當即請隨行的許縣長蒐集一些以備檢驗。29日在到衢縣後得知，28日金華遭空襲時，又有兩架敵機在南門外散佈白煙，並有魚子狀顆粒落下，有人收集後送民眾醫院檢查，發現有革蘭氏染色法陰性桿菌，但不能確切判斷是什麼病原微生物，請求派員到金華協助檢查。陳萬裡派省衛生處駐衢檢驗員吳昌豐赴金華詳細檢查，當晚便得知是鼠疫桿菌。得知訊息後，來浙協助防治鼠疫的福建省衛生處防疫專員柯主光29日連夜趕赴金華，30日晨抵達民眾醫院。經查敵機所投物質，呈魚子狀顆粒，略有黏性，淡黃色，遇水溶解，其塗片在顯微鏡下，經共同鑑定，確係鼠疫桿菌。此次敵機在金華空投物品的行動，與在鄞、衢兩縣鼠疫發現地點的行動如出一轍。陳處長認為，兩縣鼠疫發生，與敵機散佈的物質有極大的關係，並且最近敵機在金華擲下鼠疫桿菌的舉動，又一次證明瞭敵人在實施細菌戰。
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