o;多摩部隊&rdo;或&ldo;檜字部隊&rdo;。該部隊直屬日本陸軍參謀本部第9登戶研究所密謀暗殺部隊。因此其任務不僅僅是防疫給水，更重要的是進行細菌戰研究。1940年以後，該部隊配合第731部隊，在浙東、湖南常德、淅贛鐵路沿線實施了細菌戰。

1644部隊編制為1500人。部隊長共有五任。第一任是石井四郎，第二任是太田澄，第三任是增田知貞（1941～1943），第四任是佐藤俊二（1943～1944），第五任是山崎新。

本部設在南京中山東路305號原南京陸軍總醫院（現為解放軍南京總醫院）。該部的總務部部長先後由小野奇中和粟屋一步擔任。總務部下設防疫處、材料處、理化學處、經理處。

總務部掌管部隊全部事務以及人事、教育、指導等業務工作；防疫處負責細菌檢疫、培養、傳染病防疫及其他一般材料；材料處掌管各種衛生材料、給水器具及其他一般材料；理化學處主要負責毒物檢查、製造預防注射液、進行水質調查和理化學方面的研究。

經理處主要管理部隊的財務。1943年9月，1644部隊的部分主要負責人如下：南京本部部隊長陸軍軍醫大佐佐藤俊二總務部長陸軍軍醫少佐粟屋一步防疫科長陸軍軍醫大佐大河內雅夫九江支部部隊長陸軍軍醫少佐大隈防疫科長陸軍軍醫中尉齋藤七郎部隊的主要任務表面上是：維護日軍士兵健康，預防傳染病，或對日本僑民進行防疫檢查，預防注射，在作戰時，組織給水班為部隊提供淨水。但這只是1644部隊的任務之一，這支部隊的最重要的任務是生產細菌，據當時在九江防疫給水部工作的隊員榛葉修在受審時供述：這裡至少生產過霍亂、傷寒、鼠疫、赤痢等病菌。佐藤俊二供述：該部隊在培養致命細菌方面的生產能力，每個生產週期可以生產10公斤。生產細菌的裝置有：石井式細菌培養箱200具，孵育室（容積5&tis;5&tis;3米）1所，管式營養消毒器（直徑115米，長215米）2具，孵育器40～50具，蒸汽滅菌器40～50個，科哈式鍋爐40～50座。此外還有大量的玻璃蒸餾器。

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