另一方面，主張經濟適用房應該保留的意見也不少。中國人民大學公共政策研究中心研究員舒可心的觀點頗有代表性，他認為因為區域性不公平就取消經濟適用房，是因噎廢食。
如果經濟適用房不再“適用”，那麼是否有其他替代方式？於是又出現了第三種觀點。2006年兩會期間，全國政協委員彭磷基提交的“加大廉租房建設力度，用廉租房取代經濟適用房”的提案再次引發討論。彭磷基稱，用廉租房取代經濟適用房，主要基於：一是廉租房不需要大規模改造。廉租房的產權屬於政府，只租不賣，可以長期不斷地解決城市困難人群的住房問題；二是相對租房補貼來說，廉租房適用於所有城市；三是相對經濟適用房來說，廉租房更適宜貧困人群。
而2007年兩會期間，民建中央提交了《把廉租房納入社會保障範疇推動住房保障體系建設》的提案。指出目前廉租房政府職能仍然缺位，一些地方政府把實施廉租房政策當作政績工程、樣子工程來做；資金來源沒有公共財政作為保障，致使東部地區推行廉租房政策缺乏積極性，西部地區推行廉租房政策缺乏資金支援；三是受益面窄。民建中央還就廉租房的覆蓋範圍、建設標準、資金來源、組織實施等問題提出了具體的政策建議。2007年，民革中央也提交了《關於政府參與投資建設經濟適用房和廉租房的建議》。
2007年8月份國務院主持召開了全國住宅工作會議，併發布了《國務院關於解決城市低收入家庭住房困難的若干意見》提出要“加快建立健全以廉租住房制度為重點、多渠道解決城市低收入家庭住房困難的政策體系”，2007年11月建設部等9部委頒佈了《廉租住房保障辦法》和《經濟適用住房管理辦法》，對住房保障的範圍、保障方式、保障資金及房屋來源、申請和稽核、監督管理等各個方面各個環節進行了明確的規定，建設部也於年底設定成立了住房保障與公積金監督管理司。
2008年兩會期間；廉租房建設再次被推向前所未有的高度。
十一屆全國政協委員、清華大學中國與世界經濟研究中心主任李稻葵認為，“經濟適用房制度需要政府擁有很強的管理能力，尤其是鑑別低收入群體，此前經濟適用房制度在執行過程中出現了一些問題，出現了很大的逐利空間。相比之下，廉租房制度可操作性更強，政府管理成本較低。”
十一屆全國政協委員、上海社科院城市與房地產研究中心主任張泓銘也表達了類似的看法。“從其它國家和地區的經驗來看；廉租住房實物仍然是他們住房保障的重要甚至主要形式。”張泓銘舉例說，迄今為止香港特區政府累計建造廉租住房65萬套，約佔全港住房總量的以上；新加坡有6萬戶住在政府提供的廉租住房內，約佔全部家庭的。即便是發達國家，也保持相當數量的公共住房廉價出租。
而九三學社中央在提案《關於落實廉租住房保障的建議》中提到，即使把城市低收入家庭納入到廉租住房保障範圍，目前廉租住房保障範圍依然比較窄。建議在適當的時機、條件允許時，不斷降低廉租住房申請標準，擴大保障範圍，如把那些目前不符合廉租房政策標準，又無力購買經濟適用房的社會“夾心層”人群納入保障範圍。
中海外集團副董事長、總經理孔慶平提交了一份題為《關於設立住房保障局加快解決低收入人群住房問題》的提案，系統闡述了他對“香港模式”的理解，將“香港模式”移植到內地的前景。孔慶平建議分層次供應下界定政府責任。中國建築股份有限公司董事長孫文傑也向記者表達了同樣的觀點。
“兩會”以後，國務院組建了新的“住房與城鄉建設部”。關於廉租房、經濟適用房、兩限房的政策的爭論也仍在繼續。經濟學家茅於軾4月22日在“北部灣高峰論壇”上表示，