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也就在曹操與袁紹相持官渡之時，又一個令人不安的訊息傳到曹營：江東豪傑孫策，準備發兵偷襲曹操位於許都的根據地。與袁紹相持中已經處於劣勢的曹操，根本不可能再抽出兵力保衛許都。而一旦許都失守，曹操陣營將立刻分崩離析。這是曹營中人心最為動亂的時期，不少人開始暗中向袁紹獻媚，準備為自己留條後路。
當時，曹軍中與袁紹私下有書信往來者很多，官渡之戰後，在袁營中就搜出了不少通敵竹簡。在此緊急關頭，郭嘉預測說：“孫策剛剛吞併了江東，所誅殺的都是些英雄豪傑，他是能讓人效死力之人。但是孫策這個人輕率而不善於防備，雖然他擁有百萬之眾，卻和他一個人來到中原沒什麼兩樣。如果有刺客伏擊，那他就不過是一人之敵罷了。在我看來，孫策必定要死死於刺客之手。”孫策到了江邊，尚未渡江。果然被仇敵許貢的門客所殺。這或許是巧合，但確實為郭嘉的神機妙算添上了一筆。
公元202年（建安七年），官渡之戰大敗而歸的袁紹病逝。曹操進攻他的兩個兒子，連戰連捷。曹軍諸將都想乘勝攻破二袁。可就在此時，先前力主北進的郭嘉卻力排眾議，獨進奇策，建議退兵。他為曹操分析了袁氏兩兄弟之間的矛盾，說：“袁譚、袁尚素來互不相服，又有郭圖，逢記這樣的謀臣在當中攙和，必然要反目。不如先南征劉表。靜待其變，變成而後擊之，一舉可定也。”
郭嘉建議曹操裝作向南攻擊劉表之勢，“以待其變”。果然，曹軍剛回到許昌，袁軍生變的訊息就已傳來。曹操乘機回軍北上，將袁譚、袁尚各個擊破，二袁一死一逃。因為郭嘉的妙計，這一仗贏得既輕鬆又順利。
公元204年（建安九年），郭嘉被封為洧陽亭侯。
公元205年（建安十年）。郭嘉建議曹操多多招募重用青、冀、幽、並四州名士，收附民心，徹底鞏固控制抵禦。曹操採納了他的意見。甚至重用了曾詆譭過自己的陳琳，果然有千金市骨之效。
英年早逝摺疊
公元207年（建安十二年），袁尚、袁熙逃入烏桓，即今遼寧錦州一帶。曹軍諸將都說“袁尚已如喪家之犬，關外胡人不會支援他們的。如果再做遠征，劉備必然會挑撥劉表襲擊許昌，萬一有什麼變數怎麼辦？”郭嘉此時的劉備經過數年的休養生息，在荊州劉表的身邊又積聚了相當的實力。以曹操對劉備的瞭解，他有理由擔心自己孤軍遠征之際。劉備會在背後發難。
這時，郭嘉又提出不同於他人的見解：“明公你儘管放心地去遠征。留下一個空空蕩蕩的許都也無妨，我料定劉備無法給你添麻煩。不是劉備不想添。而是有人會代替您來阻止他，此人就是劉表。”在眾人一片譁然聲中，郭嘉詳細地分析了平烏桓之役的可行性和重大意義“胡人自恃偏遠，現在必然沒有防備，突然發動攻擊，一定能夠將他們消滅。袁紹對胡人有恩，如果袁尚還活著，他們一定幫忙，遲早是隱患。現在袁家的影響還很大，這個時候南征，如果胡人有行動，我們的後方就不安穩了。但劉表是個只知坐談的政客，他自知能力不足以駕馭劉備，所以必然會對劉備有所防備。現在雖然是虛國遠征，但一勞永逸，就再也沒有後患了。”
郭嘉的觀點一針見血，曹操聽罷茅塞頓開，立刻進兵柳城。曹操軍到易城，郭嘉覺得推進的速度還是太慢，又進言道：“兵貴神速。現在潛力遠征，輜重太多，行進緩慢，被對方有所覺察必然就要做防備。不如留下輜重，輕兵速進，攻其不備。”後來，這一戰成為了中國戰爭史上“兵貴神速、奇兵制勝”的經典戰例。曹操在設定了一些撤軍假象之後，暗中率領一支輕裝精兵，在嚮導田疇的帶領下突然出現在烏桓的背後。烏桓首領蹋頓和袁尚、袁熙