對戰模擬的測試之中，打敗了難度最高的人工智慧，更是沒有任何人能夠在模擬測試之中，和她的對戰之中取得勝利。
所有人都相信明日香將成為最優秀的駕駛員，至於與此同時，初號機的駕駛員這邊……
碇唯親自與初號機進行同步實驗，而在實驗的過程中，意外發生，碇唯的同步率驟然提高到了百分之四百，實驗室之中全都是一片紅色的警報。隰
但這個時候就算是停止實驗也做不到了，工作人員緊急彈出了插入栓，可將插入栓開啟之後，裡面空空如也，碇唯已經徹徹底底的融入到了初號機之中，靈魂成為了初號機的一部分。
年幼的碇真嗣雖然在基地之中生活，但卻並沒有目睹這一幕，只是他的直覺已經強到了一定程度，本能的預感到今天會有不好的事情發生，憑藉自己的記憶，很快就找到了實驗室所在的位置，然後就看到他的父親臉上露出了前所未有陰沉的表情，那眼神不論是看向任何人，都會帶來恐懼。
碇真嗣平靜的看著那雙眼睛，同時也從中讀出了許多東西，他的母親在實驗的意外之中永遠的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母親是如何消失的，很可能就是因為這時受到的衝擊太大，導致了記憶失去。
但這次碇真嗣對每一個細節都記得一清二楚，在他的父親將他趕出去之前，就已經飛快掃了一遍實驗室中所有的螢幕，並且將實驗室中所有人的對話清晰的聽在耳朵中記下來。
而此時他已經是雙眼一片茫然的狀態，母親的消失父親的異樣表現對他的刺激終於讓他第一次解開了基因鎖。
解開基因鎖之後獲得的不只是戰鬥本能，人的記憶力，理解能力，學習能力，都將提高到一個常人難以企及的地步，在這種狀態下，人類會全方位的變成超人，幾乎沒有任何弱項。
而這狀態也不只能用來戰鬥，同樣可以用來記憶，碇真嗣記住了這房間中的一切，包括螢幕上的每一個影象。桌面上的每一個檔案，上面的每一個字元。隰
即便他現在還不認識所有字，還無法理解這一切，但卻已經將這一切牢牢的記在了腦子之中，當他能夠讀懂這些東西，並且理解他們的時候，他就能夠從回憶之中將細節翻找出來，搞清楚今天究竟發生了什麼？
“出去！”嚴厲的呵斥聲響在他的耳邊，碇真嗣最後朝著實驗室的視窗看了一眼，那裡停放著一臺紫色的巨大機體，身高遠遠超出常人的超級巨人，他看到了巨人也看到了巨人後頸位置的插入栓，努力的記住了每一個細節之後，碇真嗣才轉頭離開。
心中不好的預感，讓他迫切的想要了解自己之前所看到的一切，但很快他了解這一切的機會就消失了，碇源堂可不會有心思照顧孩子，碇真嗣也不適合獨自待在這樣一個機密區域，於是他被送出了第三新東京，被送到了一所寄宿制學校之中，在這所學校之中進行學習同時也受到監視和保護。
雖然離開了第三新東京市地下的特殊研究機構，但碇真嗣依舊牢牢的記住了那一天看到的一切：“父親一定有什麼事情瞞著我，母親究竟去了哪裡？那天究竟發生了什麼？我要將這一切都搞清楚。”
而下定了決心，又解開了基因鎖的強者，行動力是非常誇張的，寄宿制學校的班主任驚愕的發現，新來的轉學生竟然是一個超級勤奮好學的傢伙，只是小學二年級，就把整個小學全部的課程用了一週時間打包全都學完了。
而這也意味著碇真嗣基本掌握了讀寫能力，記憶中那些檔案上面寫的內容他已經可以看懂，可惜他能看到的都只有檔案中的第一頁，只能大致看出來，正在進行的是一場同步測試實驗，參與實驗的分別是他的母親和名為初號機的巨大機體。
除此之外，他能夠理解的還有一部分關於初號機的情報，那是人