藍諾其實也沒有預料到基地自爆的這種可能，雖說以基地的防禦力不一定會在海嘯之中被破壞，三賢人主機也有可能還在運轉。但正常情況下，就算是被拆除下來，在這種基地已經徹底被淹沒的情況下，三賢人系統也不會做出任何反應才對。
然而問題就出在來打撈的是初號機，而初號機的駕駛員是碇真嗣。
這裡面就涉及到了一些陳年往事和老一輩的感情糾葛，也算得上是某渣男到處沾花惹草惹出來的亂子，某種層面上說是父債子償也不為過。
事情還要從碇源堂說起，這位的人設從一開始來看基本上就是個妥妥的反派，最開始他是六分儀源堂，但毫無疑問是一個野心家，為了不斷的往爬於是來了次入贅，改姓成了碇，也娶了他的老婆碇唯，也是唯一真愛。
但這傢伙泡妞能力顯然不僅止於此，說是到處沾花惹草也不為過，當然和一般的色批不一樣，碇源堂只泡對他有用的女人，簡而言之就是透過泡妞的手段來獲得一個一個忠誠度爆表的工具人。
從這個視角展開，完全可以另外開一部後宮漫，講述碇真嗣老爹是怎麼攻略一位位女主，甚至攻略了女主還要攻略女主她女兒的……
從這一點來看，碇真嗣簡直不像是親生的，明日香和綾波麗如果不是在被製造出來之後就被設定成一定會喜歡上碇真嗣，他這輩子怕是都找不到女朋友。
而赤木直子，碇源堂那個年代最優秀的計算機技術專家，也是碇源堂的狩獵目標之一，三賢人系統的三個人格，就是赤木直子自己的三個人格。
然而她和碇源堂，終究只能算是婚外情，也只有和碇唯的兒子碇真嗣，才能算是親生兒子。
知道了這個背景就很容易理解為什麼基地在這個時候突然自爆了，小三看到自己喜歡的人的孩子，而且那個孩子還不是自己的，偏偏自己用盡了一切努力，也無法讓心上人回心轉意，會是怎樣心態爆炸？
代表了科學家和代表了母親的人格，或許還能忍得了，但代表了女人的人格，這個時候簡直是原地爆炸。
反正人類都已經毀滅了，那就毀滅的更徹底一點好了，連那個女人的孩子也一起毀滅掉就再好不過了。
藍諾本來是沒有考慮過這種可能的，畢竟原作之中不論是赤木直子，還是這傢伙的女兒赤木律子，表現的都相當的冷靜，理智，不應該做出這麼情緒化的判斷，但或許是裝置損壞帶來的額外影響，又或許是世界毀滅之後本性逐漸暴露出來，總之基地在一個非常不理性的指令之下自爆了，雖然大多數的自爆裝置其實都已經在之前的戰鬥之中被摧毀。
但巨大的金字塔還是垮塌了下來，指揮大廳也被上方厚重的建築狠狠的壓扁，躲在角落位置的初號機雖說沒有受到什麼撞擊傷害，但卻被困在一個三角形的區域之中，無法逃脫，背後的巨大氧氣瓶更是被砸出了一個巨大的缺口，大量的氧氣洩露出來。
雖然氧氣瓶內部分為一個個隔間，但這樣幾乎被壓扁的傷害還是讓殘餘的氧氣所剩無幾。
被困在這樣的環境之中，就算氧氣足夠呼吸。插入栓內部的lcl液體也會隨著時間的推移變得越來越渾濁，變得越來越難以呼吸。
碇真嗣面對著一片漆黑的狹小空間，終於感受到了強烈的無助與恐懼，生命維持系統已經開啟，在接下來變得越來越渾濁的駕駛艙中，他還能繼續維持二十幾個小時的生命。
在那之後如果還無法脫離的話，他就會在窒息之中痛苦的死去。這種無力感極為熟悉，當初在面對恐怖天使的時候，也就是那個像是斑馬一樣的球體的時候，他就被拉到過虛數空間之中，被困在那裡的他同樣也面對著絕望的等死的情況。
但那時候人類政府至少還是正常運轉著的，nerv也沒有遭遇到