世界似乎都在走上正軌，藍諾透過逆向研究nerv的裝置，已經相當程度的破解出了讓人暫時無法從紅色海洋中甦醒的裝置的製造方式。闌
雖然只是一臺樣品機，但也足夠讓倖存者營地中的人歡心鼓舞了，如今地球上的資源，如果只養活少數人的話，是可以生存許久的，而在這段時間中，只要能夠製造出有機物合成裝置。並且人工合成出絕大多數人類所需的營養物質，就可以陸續將海洋中的同胞喚醒了。
然而這逐漸向好的方向發展的劇本，顯然和另一部分人的劇本是不一樣的。seele的成員，再一次在那個神秘的黑色空間之中聚會，他們的形象依舊是那一塊塊高大厚重的石碑。
“初號機和他的駕駛員發生了重大問題，雖然原因未知，但初號機的at力場顯著增強，二號機又被修復，我們不能繼續放任事情發展下去了。”
另一塊石碑同樣開口：
“亞當胚胎已經重新打撈，目前還沒有甦醒跡象，莉莉絲的靈魂也已經在他的殘骸之中提取完畢，正寄存在凌波麗的克隆體之中，想要將一切重來，我們只剩下最後一件道具。”
“s2機關。”
“是的s2機關，如今已經沒有其他的使徒了，而在這個世界上只剩下最後一個s2機關，他就在初號機的身上。闌
我們必須要從初號機的身上獲取s2機關，才能借用神的力量將一切迴歸到我們的劇本之上，但現在的初號機，強度已經徹底超出了我們的預計。
繼續任由它發展下去，我們很可能無力奪取s2機關，這個人……他掌握了一種特殊的訓練技巧，可以讓駕駛員本身變得更加強大，二號機的駕駛員也在接受相關的訓練，繼續下去，量產機恐怕就無法幫我們完成任務了。”
“所以我現在提議，提前對初號機發動進攻，奪取s2機關，並且立即進行第四次衝擊。”
會議的討論到這裡，終於有反對意見提出：“各位，量產機身上同樣也有量產版s2機關，為什麼一定要初號機的那個。”
“在之前的輪迴中我們已經嘗試過了，人造的s2機關並不被算作生命果實的一部分，是無法引起衝擊的，即便我們的量產機同樣具有無限能源，也無法使用他們的s2機關用於最後的補完。”
“疑問已經解答完畢，現在還有人反對嗎？”
石碑一塊塊熄滅，代表著每一塊石碑背後的人都同意這個觀點，最終漆黑的大廳之中恢復了黑暗，seele確認了接下來的計劃，主動出擊，獲取初號機身上的s2機關。闌
隨著主動出擊的計劃制定完畢，一臺臺分散於世界各地的量產機從水下浮現出來，他們開始飛快的朝著重新回到了北半球的日本，聚集過去，雖然這一次沒有重型轟炸機攜帶他們進行運輸，但他們也不需要運輸，無限能源的他們可以不受到任何限制的運轉，和現在的初號機一樣，沒有作戰時間的限制，就算是長途跋涉，跨越整個太平洋也是可以做到的。
碇真嗣還沒有意識到危險的來臨，但藍諾卻已經觀測到了量產機的行動，世界各地有諸多叢集成員，他們是可以透過彼此相互聯絡，來傳遞全球的情報的。
量產機就算是在海底行動，也逃不過他們的感知。更何況許多都已經浮出水面，在世界其他的地方可以直接用肉眼看見。
距離量產機完成集結，對初號機發動襲擊，還有三天時間，而在這三天時間裡，明日香簡直感覺藍諾真的是想要殺了她，訓練的強度幾乎是成倍提高，隨時都可能會面對各種各樣的致命危險。說是活的心驚膽戰也不為過，好幾次都差一點，真的死了過去。
而這最終也使得她成功找回瞭解開基因鎖的感覺，並且在一次次危險之中逐漸對這種感覺熟悉起來，可以主動解開基