應徵入伍後，薩特開始每天記日記，這是以前沒有的習慣。與外界隔絕的環境，人生境況的根本變化，這些都促使他分外緊張而集中地思考；大量精神活動的爆發，各種紛至沓來的思緒，他來不及慢慢整理成精緻的文字，就信筆在日記本上記下來。他對自己的過去作了回顧，對同他人的關係，特別是同女人的關係作了深入的反思。他對哲學的探索同對自己的分析是緊密地結合在一起，以後在《存在與虛無》、《聖．熱內》、《詞語》、《家庭的白痴》中的一些基本思想都可以從這裡找到萌芽狀態的生髮點。他這時仍有一種和平主義的思想，但不是很堅定；他對納粹和法西斯主義十分痛恨，但這種仇恨仍是有些抽象；他在日記中表現出一種軟弱無力的感受，同時又因這種感受而苛責自己。這些日記，有些後來丟失了。被保留下來的，在薩特死後由他的養女阿萊特整理，伽利瑪出版社1983年出版，題為《奇怪戰爭筆記》，日記時間是1939年11月至1940年3月。
除了小說和日記，薩特幾乎每天都要給波伏瓦、萬達以及其他人寫信。這些信、這些日記和這些小說稿，再加上他的哲學思維，構成了薩特這一時期的精神生活總體。
除了小說和哲學，薩特還產生了戲劇創作衝動。小說寫出後不能指望在現有條件下出版；而哲學寫作雖然能滿足形而上思考的需要，卻無法滿足他對社會、對他人、對戰爭、對抵抗直接起作用的願望。於是薩特想到了戲劇。在戰俘營演出《巴里奧納》的嘗試和成功仍然對他有著誘惑力。《巴里奧納》從藝術角度看不是很有價值，但觀眾的理解和熱烈反應使他激動不已。透過那次寫作他似乎已經悟出點寫劇本的門道來了，他覺得自己在戲劇方面是有才能的。既然如此，何不再作嘗試？
實際上薩特很早就在醞釀這個戲劇。還是在第一次偷越邊界聯絡抵抗力量時，薩特就在構思這個劇本。他和波伏瓦來到桑託林的一個小村子，是正午時分，太陽高掛，但所有村子的屋子都空蕩蕩的，門窗緊閉。這個奇怪的景象給了薩特創作劇本第一幕的靈感。而波伏瓦讀了一本關於伊特魯里亞人的書，對薩特談到那裡的葬禮儀式，這使他在寫第二幕時有了一種形象。
薩特想透過一個戲劇的演出來喚起法國人的自由意識，消除他們的懊喪情緒，併為抵抗戰士大聲吶喊。這是他寫這個劇本的主要動力。另一個比較個人方面的動力是，他所喜愛的奧爾加希望能在一齣戲中扮演主角。這時奧爾加在迪蘭那裡學戲，很是努力，迪蘭對她也讚賞有加，認為她在表演方面有發展前途。奧爾加此前在一些戲中扮演的都是跑龍套的小角色，她向薩特表示，希望能有機會在一齣戲中演主角。而這就需要有人專門為她寫一個劇本。薩特找到導演迪蘭說，他願意寫一個劇本，由奧爾加主演。迪蘭同意了。
這個劇本題名《蒼蠅》，由伽利瑪出版社在1943年出版。
薩特這個劇本是取材於古代傳說。俄瑞斯忒斯的父親、國王阿伽門農被其妻也就是俄瑞斯忒斯的母親與人合謀殺死，那人奪了王位。俄瑞斯忒斯從小在外被人撫養。他長大成｜人後回到自己的國家，殺死了篡位者和自己的母親，為父親復仇。
薩特對這個傳說作了根本改造。傳說中是神的旨意要俄瑞斯忒斯殺母報仇，最後又被複仇女神追逐而發狂，薩特改為他違背眾神之王朱庇特的旨意，殺了篡位者和母親，又拒絕懺悔，為復仇女神追逐，但他毫不畏懼。劇中還塑造了另一個人物，他的姐姐尼勒克特拉。她本來是他的同謀，最後在朱庇特的勸誘下後悔了，精神徹底崩潰。兩者形成鮮明對比。
薩特的主要意圖是要法國人擺脫因戰敗而產生的懊喪心理。阿耳戈斯人15年來陪同篡位者一直處於悔恨之中，就是一種象徵。薩特在劇中對這種懊悔現象作了辛辣的諷刺