在星耀聖泉泉水暫時緩解 “暗星淵” 危機後，宇宙聯盟議會對靈珠的研究進入了白熱化階段。星穹先知、晶耀大匠以及各族智者們匯聚在議會的機密研究室中，四周佈滿了強大的防護魔法與能量禁制，以防止靈珠的黑暗力量洩漏或遭受外界干擾。
星穹先知將自身的星象感知力與靈珠深度連線，他的意識彷彿穿越了無盡的時空長河，回溯到上古山海時代更為久遠的歲月。在那片混沌初開、山海初現的世界裡，他看到了一片神秘的靈域。靈域中，光芒與暗影交織，奇異的生物在其中穿梭。這些生物並非普通的山海巨獸或仙人，而是一種介於虛實之間的靈體生命，它們是宇宙初生時的原始生靈，擁有著操控靈能的天賦。
在靈域的中心，有一棵巨大的靈樹。靈樹高聳入雲，樹幹粗壯得需要數千人合抱。樹上結滿了各種靈果，每一顆靈果都散發著獨特的光芒與氣息。其中一顆最為特殊的靈果，便是靈珠的前身。這顆靈果吸收了靈域中最為純淨的靈能，以及天地初開時的混沌精華，逐漸孕育出了靈智。
然而，與此同時，在靈域的深處，一股黑暗力量也在悄然滋生。這股黑暗力量源於宇宙混沌中的負面情緒與邪惡意志，它逐漸匯聚，形成了一個黑暗的漩渦。黑暗漩渦中，誕生了一個邪惡的靈體 —— 暗影魔靈。暗影魔靈嫉妒靈果所蘊含的強大力量與光明前景，它妄圖將靈果據為己有，從而掌控整個靈域乃至宇宙的命運。
於是，暗影魔靈開始對靈果發動攻擊。它釋放出一道道黑暗的靈能射線，試圖侵蝕靈果的純淨力量。靈果周圍的守護靈體們奮起抵抗，它們用自身的靈能構建起一道道護盾，與暗影魔靈展開了激烈的戰鬥。這場戰鬥持續了漫長的歲月，靈域中的空間被不斷撕裂又修復，靈能的波動如同洶湧的海浪，席捲了整個靈域。
在戰鬥的關鍵時刻，一位上古靈仙降臨。這位靈仙身著一襲白衣，手持一把散發著七彩光芒的靈劍。他以自身強大的靈能為引，聯合靈域中的守護靈體，對暗影魔靈發動了一場圍剿。靈仙的靈劍舞動，每一劍都蘊含著天地間的正道法則，能夠斬斷黑暗的枷鎖。
經過一場驚心動魄的大戰，暗影魔靈被暫時封印在了靈域的黑暗深淵之中。而那顆靈果，在經歷了這場磨難後，雖然保住了自身的力量，但也被暗影魔靈的黑暗氣息所沾染。為了防止黑暗力量的擴散，靈仙決定將靈果轉化為靈珠，並施加了多重封印。靈珠被放置在靈域的一處神秘禁地，由強大的守護陣法保護著。
隨著時間的推移，宇宙逐漸發展，山海時代走向繁榮。但在一次天地浩劫中，靈域的封印被意外打破，靈珠在混亂中流落宇宙。它所蘊含的黑暗力量在宇宙中逐漸擴散，引發了一系列的災難與危機。而如今，靈珠再次現世，其黑暗力量被有心之人或勢力所利用，從而引發了這場星界危機。
星穹先知從回溯的意識中甦醒，他將所見所聞詳細地告知了眾人。晶耀大匠沉思片刻後說道：“如此看來，要徹底解決這場危機，我們不僅要淨化靈珠中的黑暗力量，還需找到暗影魔靈的封印之地，確保它不會再次被釋放。” 眾人紛紛點頭，意識到任務的艱鉅性。
就在此時，宇宙聯盟議會收到訊息，在遙遠的 “魔星廢墟” 星球上，出現了一股強大的黑暗力量波動，疑似與暗影魔靈有關。炎魂聖騎主動請戰：“我願再次出征，前往‘魔星廢墟’一探究竟。這暗影魔靈若敢再次興風作浪，我定用我的火焰將它徹底消滅！” 幻夢靈姬也站了出來：“我與你同行，我的夢境魔法或許能在那片廢墟中探尋到一些隱藏的秘密。” 靈淵魔影使說道：“我在暗處協助，利用靈影之力尋找暗影魔靈的蹤跡以及它可能的弱點。”
炎魂聖騎、幻夢靈姬和靈淵魔影使率領著一支精銳部隊乘坐 “星晶神艦” 向著